پس از سرنگونی هواپیمای اوکراینی توسط سپاه پاسداران تجمعات اعتراضی گسترده در بسیاری از نقاط ایران شکل گرفت. به دنبال این اعتراضات، تعدادی از معترضان که به خیابان آمده و یا در فضای مجازی ابراز نظر کرده بودند، بازداشت شدند. آقای باقری از جمله فعالان مجازی است که در تاریخ ۳۰ دی ۱۳۹۸ بازداشت شد.

این فعال فضای مجازی در تاریخ ۲۰ بهمن، پس از اتمام مراحل بازجویی در یکی از خانه‌های امن اطلاعات سپاه پاسداران در حوالی خیابان سئول، به زندان تهران بزرگ (معروف به فشافویه) منتقل شد.

یک منبع آگاه به «گزارشگر حقوق بشر در ایران» گفته بود: «ماموران اطلاعات سپاه پاسداران از قرارگاه ثارالله در این ارگان امنیتی پس از بازداشت کوروش باقری در تاریخ ۳۰ دی‌ماه امسال و انتقال وی به یکی از خانه‌های امن سپاه در محدوده خیابان سئول در تهران وی را تحت بازجویی قرار دادند و در طی این مدت کوروش از حق تماس تلفنی و یا هرگونه ملاقات با نزدیکان خود به هر طریق محروم بود ولی امروز وی را به تیپ ۵ واحد ۲ سالن ۲ زندان تهران بزرگ منتقل کردند.»

کوروش باقری از ۲۶ اسفند در اعتراض به شرایط نگهداری خود و دیگر زندانیان دست به اعتصاب غذا زد. او در توصیف وضعیت زندانیان در شرایط بحران شیوع کرونا در زندان گفته بود: «شرایط ما بسیار فاجعه‌بار است. ما شرایطی شبیه به زنده‌به‌گوران داریم. درهای بند را بسته‌اند و اجازه خروج از بند و ارتباط با خانواده خود را نداریم و سه زندانی در هفته اخیر در تیپ ۵ زندان فشافویه که ما زندانی هستیم جان‌شان را از دست داده‌اند».

به گفته یک منبع آگاه، «آقای باقری از خانواده‌ای فقیر می‌آید که سرپرستی مادر پیر خود را نیز برعهده دارد. اکنون که او زندانی شده است مادرش در شرایط بسیار سختی قرار گرفته‌است و به رغم وعده‌های بسیار، دادگاه از تبدیل قرار بازداشت او خودداری می‌کند.» آقای باقری و خانواده‌اش در شهرری ساکن‌اند.

کوروش باقری در زندان فشافویه مطلع شد که وثیقه پانصد میلیون تومانی برای آزادی موقت وی تعیین کرده‌اند. ماموران همچنین هنگام بازرسی منزل آقای باقری چند لیتر آبجو کشف کرده‌اند که برای آن نیز وثیقه مجزا به مبلغ سیصد میلیون تومان تعیین شده بود. با این حال او همچنان در زندان ماند.

رسیدگی به اتهامات در دادگاه انقلاب و کیفری - ۱۳۹۹

پرونده این فعال فضای مجازی در ۲۲ اردیبهشت ۱۳۹۹ برای رسیدگی به شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران ارجاع شد.

قاضی صلواتی در خصوص «تغییر دین» متهم به دین زرتشتی، او را مورد بازخواست قرار داد و در خصوص «اهانت به علی خامنه‌ای» از او سوالاتی پرسید.

در تاریخ ۶ شهریور ۱۳۹۹، براساس رای صادره از سوی شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب، این فعال اینستاگرامی،از بابت اتهام «توهین به رهبری» به دو سال و از بابت اتهام «تبلیغ علیه نظام» به یک سال حبس تعزیری محکوم شد.

همچنین در بخش دوم پرونده مربوط به نگه‌داری چند لیتر آبجو در منزل، طی جلسه ای که در تاریخ ۲۳ تیر، در شعبه ۱۰۷ دادگاه کیفری ۲ شهرری برگزار شد، آقای باقری به اتهام «نگهداری مشروبات الکلی» به ۴۰ ضربه شلاق محکوم شد.

دوره محکومیت دو ساله این زندانی سیاسی از روز ۳۰ دی ۱۳۹۸، آغاز شد.

 آقای باقری، در تاریخ ۱۹ تیر ۱۴۰۰، پس از سپری کردن نزدیک به ۱ سال و شش ماه حبس در فهرست عفو قرار گرفت و از زندان تهران بزرگ آزاد شد.