مژگان کاووسی پیش از این در تاریخ ۲۷ آبان ماه ۹۸، در پی یورش ماموران اطلاعات سپاه به منزل پدری وی در شهر نوشهر بازداشت و به بازداشتگاه این ارگان امنیتی در شهرستان ساری منتقل شده بود و پس از اتمام مراحل بازجویی و تفهیم اتهام در ۱۶ آذر ماه به زندان شهرستان نوشهر منتقل شد.

خانم کاووسی نهایتا در تاریخ ۲۸ آذرماه ۹۸ با تودیع قرار وثیقه‌ای به مبلغ صد میلیون تومان به‌طور موقت و تا اتمام مراحل دادرسی از بازداشت آزاد شد.

مژگان کاووسی در سوم دی ماه ۹۸ در مرحله بدوی توسط شعبه یک دادگاه انقلاب نوشهر از بابت اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» به شش ماه حبس تعزیری، به اتهام «عضویت در گروه‌های مخالف نظام» به ۳۳ ماه حبس و برای اتهام «تحریک مردم جهت بر هم زدن نظم و امنیت کشور» به تحمل ۳۰ ماه حبس تعزیری محکوم شد.

در تاریخ ۲۶ اسفند ۹۸، این پژوهشگر و مترجم کرد در مرحله تجدیدنظر و با اعتراض دادستان شعبه ۲۸ دادگاه تجدیدنظر استان مازندران، با افزایش میزان محکومیت مواجه شد. 
وی از بابت اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» به ۷ ماه و ۱۵ روز حبس و برای اتهام «تحریک مردم جهت بر هم زدن نظم و امنیت کشور» به ۳۶ ماه حبس تعزیری و به اتهام «عضویت در گروه‌های مخالف نظام» به ۳۳ ماه حبس محکوم شد.

با استناد به ماده ۱۳۴ قانون مجازات اسلامی، مجازات اشد از بابت اتهام «تحریک مردم جهت بر هم زدن نظم و امنیت کشور» و ۳۶ ماه حبس تعزیری برای وی قابل اجرا است.
خانم کاووسی در تاریخ سی‌ام اردیبهشت ۱۳۹۹ بازداشت و جهت تحمل دوران محکومیت خود به زندان نوشهر منتقل شد.

مژگان کاووسی تنها چند روز قبل در تاریخ ۲۳ اردیبهشت ۹۹ متوجه شده بود که شعبه ۲ اجرای احکام کیفری دادسرای عمومی و انقلاب شهرستان نوشهر بدون اطلاع‌رسانی قبلی برای این فعال مدنی حکم جلب جهت اجرای حکم حبس تعزیر ۳۶ ماهه صادر کرده است.

مصطفی نیلی وکیل مدافع خانم کاووسی در یادداشتی در خصوص بازداشت موکل خود گفته است: «خانم مژگان کاووسی نویسنده و پژوهشگر کرد و موکل اینجانب که در مجموع به هفتاد و شش ماه و پانزده روز حبس محکوم شده - که بر اساس تجمیع ۳۶ ماه آن اجرا می‌شود - امروز جهت اجرای حکم جلب شد. اجرای احکام نوشهر بر خلاف ماده ۵۰۰ قانون آیین دادرسی کیفری بدون احضار، دستور جلب را صادر کرده است.»

علاوه بر این به گزارش هرانا، اداره اطلاعات شهرستان نوشهر ادعا دارد خانم کاووسی از تاریخ ۲۲ شهریور ۹۸ به اتهام «تبلیغ علیه نظام و تبلیغ علیه دین» با ممنوعیت خروج از کشور مواجه بوده است. این در حالی است که این محرومیت هیچ‌گاه به او ابلاغ نشده بود.

مژگان کاووسی تاکنون ۲ بار در اعتراض به شرایط زندان دست به اعتصاب غذا زده است. بار اول در شهریور ۱۳۹۹ بود که این پژوهشگر در اعتراض به «اقدامات فراقانونی مسئولان زندان اوین»، «عدم اعطای مرخصی»، «روا داشتن تبعیض‌های جنسیتی» و «جلوگیری از تماس تلفنی با خانواده» اعتصاب غذا کرد. 5 مهر ۱۳۹۹ مژگان کاووسی پس از انتقال به بیمارستان برای درمان بیماری‌اش، اعتصاب غذای خود را شکست.
بار دوم ۲۶ اردیبهشت ۱۴۰۰ بود که خانم کاووسی در اعتراض به نحوه برخورد مسئولان زندان و قضات با زندانی‌ها، اعتصاب غذا کرد. یکی از نزدیکان این زندانی به «شبکه حقوق بشر کردستان» گفت: «اعتراض مژگان کاووسی نسبت به روال کلی برخوردهای مسئولان زندان و دستگاه قضایی با زندانیان است. اهم این اعتراض متوجه برخورد سلیقه‌ای و خارج از ضابطه قضات در اعطای مرخصی به زندانیان، بر اساس مصوبه قوه قضاییه در خصوص پیک چهارم کرونا است. تبعیض در حق زندانیان برای بهره‌مندی از مرخصی، ناشی از دخالت ضابطین قضایی متفاوت در مورد هر زندانی است که به روشنی، نقض قانون و ضوابط ناظر بر زندان و اجرای احکام حبس است.»

مژگان کاووسی، فرزند اکبر، از باورمندان به آیین یارسان است. کتاب «انفال و سرگذشت تیمور، تنها بازمانده از گورهای جمعی زنان و کودکان انفال شده» در سال ۹۸ با ترجمه مژگان کاووسی توسط انتشارات توکلی تهران چاپ شده است.

در تاریخ ۱۸ مهر ۱۴۰۰ یکی از نزدیکان این پژوهشگر، به «خبرنگاری جرم نیست» گفت که او در مسیر انتقال از زندان اوین به زندان کچویی فردیس در کرج، ۳ روز در بازداشتگاه یک کلانتری در شرایطی بسیار وخیم و آزاردهنده حبس بوده است.
این فرد مطلع گفت: «قاضی پرونده در اقدامی کاملا غیرقانونی دستور داد مژگان از زندان اوین به زندان کچویی کرج که دارای شرایطی کاملا غیراستاندارد است، منتقل شد. در حالی‌که محل سکونت این پژوهشگر در شهرهای تهران و نوشهر است و قاعدتا می‌بایست او در یکی از این دو شهر زندانی شود. این انتقال ناگهانی، طبعا بی‌ارتباط با اعتراض‌های مژگان در یک سال گذشته نسبت به شرایط وخیم زندان‌های تهران و نوشهر نداشت و حالا قاضی پرونده می‌خواهد به این ترتیب او را تنبیه کند. مژگان را به فردیس کرج تبعید کرده‌اند و حالا ملاقات خانواده با او هم بسیار سخت شده است.»
دوست مژگان کاووسی افزود: «نکته عجیب هم این است که در مسیر انتقال از زندان اوین به زندان کچویی در روز چهارشنبه هفته قبل، به بهانه اینکه پنج‌شنبه و جمعه قسمت اداری زندان کچویی تعطیل است، سه شب او را در بازداشتگاه یک کلانتری در کرج نگه داشتند که از حداقل‌های بهداشتی و رفاهی نیز بی‌بهره بود و همچنین چند مجرم خطرناک و آلوده هم در محیطی بسیار تنگ و تاریک کنار مژگان بودند. مگر قاضی پرونده نمی‌دانست که دو روز آخر هفته زندانی جدید تحویل نمی‌گیرند؟ پس چرا همان شنبه دستور به انتقال ندادند؟ چرا یک پژوهشگر و نویسنده که درحال گذراندن حکم خود است را این‌طور اذیت و آزار می‌کنند؟ مژگان دیشب در تماسی کوتاه از زندان کچویی این اتفاق را تعریف کرد و گفت که هرچه به ماموران کلانتری اعتراض کرده که رفتارشان غیرقانونی و غیرانسانی است، هیچ توجهی نکردند.»
این فرد مطلع همچنین بیان کرد که در آن بازداشتگاه هیچ لامپی روشن نبود، یک عدد پتوی بسیار کثیف به خانم کاووسی داده شد و هیچ فرصتی برای هواخوری هم به بازداشتی‌ها داده نشد.
مژگان کاووسی در نهایت روز ۱۶ دی ۱۴۰۰ و به دلیل «عدم توانایی در تحمل زندان» از کچویی فردیس در کرج آزاد شد و به این ترتیب پرونده قضایی او مختومه اعلام شد.