این روزنامه‌نگار یک در آذر ماه سال 1388 توسط نیروهای امنیتی در کرمان بازداشت شد و یک بار دیگر تقریبا ۱۰ سال بعد، در بهمن ماه 1398 منزلش از سوی ماموران حفاظت اطلاعات سپاه مورد تفتیش قرار گرفت و برخی از وسایل شخصی او نیز توقیف شد. حفاظت اطلاعات سپاه در بهمن ۱۳۹۸ خانه تعدادی از روزنامه‌نگاران را تفتیش و آنها را احضار کرد.

در حال حاضر این روزنامه نگار به شکل آزاد کار می‌کند و مطالبش بیشتر در روزنامه ایران منتشر می‌شود.

بازداشت - 1388

احسان بداغی در ۲۲ آذر ماه سال 1388 توسط نیروهای امنیتی در کرمان بازداشت شد. علت بازداشت این روزنامه‌نگار در آن تاریخ امضا نامه‌ای بود که تعدادی از فعالان سیرجان خطاب به رئیس قوه قضاییه جهت آزادی حسن اسدی زیدآبادی و احمد زیدآبادی، دو روزنامه‌نگار زندانی منتشر کرده بودند.

 این روزنامه نگار در آن زمان  با «صدای آمریکا» مصاحبه ای درباره بازداشت همکارانش داشت.

بداغی روز 22 آذرماه 1388 توسط نیروهای امنیتی وزارت اطلاعات استان کرمان به بازداشتگاهی در کرمان منتقل شد و یازده روز بعد، اوایل دی ماه آزاد شد.

ضرب و شتم توسط نماینده مجلس - 1395

هفتم شهریور ماه سال 1395 نادر قاضی پور، نماینده مردم ارومیه در راهروی مجلس احسان بداغی را مورد ضرب و شتم قرار داد. این خبر به سرعت در رسانه‌ها دست به دست شد. 

او پس از این ضرب و شتم از این نماینده مجلس شکایت کرد و خواستار عذرخواهی او  و پیگیری رییس مجلس نسبت به این برخورد شد. 

بداغی، خبرنگار روزنامه ایران در آن تاریخ درباره این ضرب و شتم  گفته بود: « من تاکید کردم که در صورتی رضایت خواهم داد که قاضی پور به خاطر جایگاه صنفی خبرنگاران و فعالان رسانه ای از من عذرخواهی کند. البته این موضوع را علاوه بر اینکه در جلسه ای با خود شخص دکتر پزشکیان نایب رییس مجلس مطرح کرده‌ام پس از آن هم به صورت کتبی اعلام کردم.»

بداغی درباره نظر هیات نظارت بر رفتار نمایندگان و بر رضایت شفاهی نیز گفته بود: «اینکه گفته شده من شفاهی اعلام رضایت کرده‌ام، باید این را پرسید که اصلا مگر زمانی که پرونده‌ای پیگیری می شود، صحبت‌های شفاهی ملاک است. من به صورت کتبی اعلام نظر کرده‌ام که آقای قاضی پور باید دو عذرخواهی از من انجام دهد اول به دلیل ضرب و شتم و دوم به دلیل اینکه رفتارها و اقدامات نادرستی را به من نسبت داده است.»

اما این پرونده بدون عذرخواهی قاضی پور و رضایت بداغی بسته شد.

محکومیت به حبس - 1398

احسان بداغی در تاریخ  دی ماه 1398 در توییتی که در صفحه شخصی‌اش منتشر کرد از صدور حکم یک سال حبس تعلیقی خود خبر داد. 

بداغی نوشته بود: «۶ ماه قبل فقط بابت یک توئیت اشتباهی که بعد از ساعتی پاک کردم و درباره آن توضیح دادم، با شکایت دادستان یکی از استانها بعد از کلی تخفیف به یک سال زندان تعلیقی محکوم شدم. این دادستانهای عزیز هنگام اکاذیب صداوسیما درباره موضوع شیر، یا دروغ درباره هواپیمای اک راین و ... کجا هستند؟»

 از این اتهام و حکم اطلاع بیشتری در دست نیست.

تفتیش منزل  - 1398

روز ۱۶ بهمن‌ماه سال 1398، ماموران امنیتی سپاه پاسداران ، منزل مسکونی بداغی در تهران  را مورد تفتیش قرار دادند. ماموران امنیتی پس از تفتیش منزل برخی لوازم شخصی این روزنامه‌نگار را ضبط کردند و با خود بردند. از آن تاریخ بداغی هیچ گونه فعالیتی در فضای مجازی ندارد. وی هم در حال حاضر خبرنگار پارلمانی روزنامه ایران است.

در بهمن ماه 1398 منازل تعدادی دیگر از روزنامه‌نگاران توسط نیروهای امنیتی تفتیش شد. 

«گزارشگران بدون مرز» در آن زمان با انتشار پیامی در واکنش به اقدام سازمان اطلاعات سپاه پاسداران در احضار روزنامه‌نگاران آن را محکوم کرد.