عیسی سحرخیز آخرین بار ساعت شش و نیم روز یازدهم آبانماه سال 1394 توسط هفت نفر از نیروهای اطلاعات سپاه در منزلش دستگیر شد. «مهدی سحرخیز» فرزند عیسی در گفت و گو با ایران وایر در این باره گفت : «ساعت شش تا هفت صبح، هفت نفر که شامل شش آقا و یک خانم می شدند، به منزل پدرم مراجعه کرده و با نشان دادن حکمی که البته آن را به پدرم تحویل نداده اند، او را به سه جرم توهین به رهبری، تبانی و تجمع علیه نظام و تبلیغ بر علیه نظام بازداشت کرده و با خودشان برده اند.»

ماموران امنیتی پیش از بازداشت این روزنامه نگار منزل او را تفتیش کرده و یک سری وسایل شخصی همچون لپ تاب و موبایل و همچنین تصاویر و لوح تقدیر میرحسین موسوی و مهدی کروبی را هم با خودشان ضبط کرده و بردند.

عیسی سحرخیز در شرایطی بازداشت شده است که به علت اقامت طولانی مدت در زندان در دوره های قبل کلیه هایش به طور آسیب دیده و فقط 30 درصد کلیه ها فعال هستند و مشکلاتی همچون نوسان قلب، فشار خون و کم خونی دارد و طبق اظهار نظر پزشک معالجش، قطع داروها و یا قرار گرفتن در محیط استرس زا می تواند برای او خطرناک باشد. او پیش از ترک خانه به اعضای خانواده اش گفته از همان لحظه اعتصاب غذای تر را شروع کرده و بعد از دو هفته دست به اعتصاب غذای تر خواهد زد.

عیسی سحرخیز پیش از این، 12 تیرماه سال 88 به دلیل فعالیت های رسانه ای و انتخاباتی بازداشت شد. سحرخیز درباره پروژه بازداشت و دوران زندانش به «ایران‌وایر» گفته است: «شواهد و مستندات مربوط به کودتای انتخاباتی سال 88 نشان می‌دهد که نام من هم بین لیست ویژه‌ای قرار داشته که برنامه‌ دستگیری آن‌ها از پیش طراحی و اعلام‌شده بود؛ همان گروهی که کوتاه زمانی پس از بسته شدن صندوق‌های رأی در ساعت 23 روز جمعه 22 خرداد، عملیات گسترده‌ دستگیری آن‌ها آغاز شد ... تلاش برای بازداشت کردن من سه هفته ادامه داشت تا این‌که صبح روز جمعه 12 تیرماه، مأموران وزارت اطلاعات استان مازندران با حکم مدعی‌العموم مرا در روستایی در اطراف شهرستان رویان (علمده) دستگیر کردند. در جریان دستگیری که با ضرب و شتم گسترده هشت مأمور اعزامی همراه بود، استخوان قفسه سینه و دنده‌هایم شکست، تاندون کتف سمت چپم صدمه دید و جای‌جای بدنم، به‌ویژه پهلوها و مچ دست‌هایم پر شدند از لکه‌های سرخ و کبود و سیاه در اثر ضربات وارده. در زمان بازداشت و نگه‌داری دربند 209 اوین که تا چند روز به عید سال 89 ادامه داشت، شکنجه جسمی انجام نشد اما در چند مرحله، از سه تا چهار ماه در سلول‌های 31، 51، 42 و... گرفته تا دو هفته در سلول 75 و سرانجام یک ماه و نیم در سلول شماره 127 مرا در انفرادی نگه داشتند ... برای مدت بیش از پنج ماه هم که از سلول انفرادی به اتاق‌های چهار نفره انتقال یافتم ... با پایان یافتن زمان حبس سه‌ساله (دو سال برای توهین به رهبری و یک سال به‌عنوان تبلیغ علیه نظام)، اجازه خروج از زندان به من ندادند و پرونده‌ روزنامه اخبار اقتصاد و مجله آفتاب را که در عمل پس از 10 سال از تشکیل، مختومه بود بازگشایی و حکم دوساله‌ جدیدی را صادر کردند. پس از اعتراض وکیل مدافع و بیان این نکته که نمی‌توان برای دو اتهام مشابه – تبلیغ علیه نظام- دو حکم جداگانه صادر کرد، میزان حبس را به یک سال و نیم  کاهش دادند. اجرای این حکم هم تا دو ماه پیش از آزادی، در 14 مهر سال 92 ادامه پیدا کرد و در عمل با سه ماه و نیم تأخیر بابت مرخصی‌هایی که طلب داشتم، حکم آزادی‌ام از زندان (حصر بیمارستانی) صادر شد.»

پس از بازداشت جدید، تا زمان تهیه این مطلب هیچ خبری از محل نگهداری و اتهامات رسمی عیسی سحرخیز منتشر نشده و او تماسی با خانواده اش برقرار نکرده است.