آقای کردپور نخستین بار روز ۱۷ اسفندماه سال ۱۳۹۱ بازداشت شد. خبرگزاری موکریان که عمدتا اخبار حوزه حقوق بشر را در منطقه کردستان پوشش می‌دهد، در اواسط دهه ۱۳۸۰ خورشیدی توسط او تاسیس شد. چند سال بعد برادرش مسعود نیز به عنوان خبرنگار به او پیوست. سایت موکریان در طول سالهای گذشته چندین بار فیلتر شده است.

«جعفر کردپور»، برادر او  می‌گوید شیوه دستگیری خسرو به آدم‌ربایی شباهت داشته. ماموران اداره اطلاعات مهاباد او را در دندان‌سازی بازداشت می‌کنند. همراه با خسرو به منزل او می‌روند و حین تفتیش منزلش او را مورد ضرب و شتم قرار داده و کامپیوتر و موبایل شخصی او و همسرش را گرفته و خسرو را  با خودشان به مکان نامعلومی می‌برند. بعدتر مشخص شد او به اداره اطلاعات مهاباد منتقل شده است.

مدت کوتاهی بعداز این بازداشت، مسعود برادر دیگر آقای کردپور که برای بررسی وضعیت او به اداره اطلاعات شهر مهاباد در استان آذربایجان غربی رفته بود نیز دستگیر شد. برادران کردپور کمتر از یک هفته بعد از بازداشت در روز ۲۲اسفندماه ۱۳۹۱ به بازداشتگاه اداره اطلاعات ارومیه منتقل شدند.

خانواده زندانیان سیاسی کرد، خسرو کردپور را به دلیل  پیگیری‌ها و رسیدگی‌های مصرانه‌اش نسبت به وضعیت دیگر زندانیان، «پدر زندانیان سیاسی کرد» می‌نامند. 

خسرو کردپور به همراه برادرش به مدت چهار ماه بدون اینکه از اتهام خود اطلاعی داشته باشند در بازداشت موقت به سر بردند. 
او درباره دلیل بازداشت خسرو و مسعود کردپور دو برادرش به دویچه‌وله فارسی گفته بود: «برادرانم هیچ کار غیرقانونی انجام نداده‌اند. مسعود و خسرو فعالیت‌های حقوق‌بشری می‌کردند و پیگیر وضعیت زندانیان بوده‌اند.»

آقای کردپور در طول مدت بازداشت فقط یک بار توانست خانواده‌اش را برای ۱۵ دقیقه ملاقات کند. این دیدار در اداره اطلاعات ارومیه و در روز ۲ اردیبهشت‌ماه ۱۳۹۲ خورشیدی صورت گرفت.

یک ماه بعد از تفهیم اتهام، دادگاه برادران کردپور بعد از 150 روز بازداشت موقت، روز 14 مردادماه سال 1392 در دادگاه انقلاب مهاباد برگزار شد. بررسی اتهامات آقای خسرو کردپور سه جلسه به طول انجامید.

در این جلسه بنا به شهادت شاهدانی که در جلسه حضور داشتند، برادران کردپور با دستبند، پابند و لباس زندان در دادگاه حاضر شدند و قاضی به اعتراض وکلا در این خصوص توجهی نکرد. 
خسرو کردپور در این جلسه دادگاه به دفاع از اتهامات خود پرداخت و گفت تمام فعالیت‌هایش به‌عنوان مدیر آژانس موکریان بر اساس قانون مطبوعات بوده و  اخبار منتشرشده از سوی این سایت خبری کاملا با حقیقت مطابق بوده، با هدف اطلاع‌رسانی انجام‌ شده و قصد و نیت مجرمانه در آن وجود نداشته است. 

علیرغم این دفاعیات، خسرو به اتهام «اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی»  به پنج سال و به اتهام « تبلیغ علیه نظام» به یک سال زندان محکوم شد.

همچنین بر اساس حکم دادگاه «به‌منظور جلوگیری از تجری وی و دیگران با اختیار حاصله از ماده ۲۳ قانون مجازات اسلامی مصوب ۱۳۹۲، وی ملزم به ۲ سال اقامت اجباری در شهرستان کرمان و به‌منظور رعایت مسائل امنیتی زندان، شهر تبریز به‌عنوان محل تحمل ۵ سال حبس» مقرر شد.

عثمان مزین، یکی از وکلای برادران کردپور با انتقاد از حکم تبعید خسرو گفته بود: «توسل محکمه بدوی به سلب امنیت زندان مهاباد برای توجیه محکومیت خسرو کردپور به تبعید در زندان تبریز فاقد هرگونه دلیل ارتباطی مبنی بر اخلال موکل در نظم زندان مهاباد است و نباید فراموش کنیم که تبعید محکوم‌علیه موجب صدمه خانواده و بستگان موکل شده و این امر هم در تعارض با اصل فردی بودن جرم و مجازات است». 

حکم تبعید خسرو کردپور در دادگاه تجدیدنظر نیز تائید شد.  درحالی‌که او زبان ترکی بلد نیست، باید پنج سال از حکم خود را در زندان تبریز می‌گذارند. او همچنین ملزم به ٢ سال اقامت اجباری در شهرستان کرمان شد که پس از اتمام ۵ سال محکومیت خود در زندان تبریز، باید آن را نیز سپری می‌کرد 

چهارشنبه ۲۸ اسفندماه سال 1392، ماموران امنیتی خسرو کردپور را به‌سرعت، بی اطلاع وکلا و خانواده‌اش و بدون اینکه به او اجازه جمع‌آوری وسایل شخصی‌اش را بدهند به‌منظور اجرای حکم دادگاه بدوی به زندان مرکزی تبریز منتقل کردند.

وی پس از تحمل دو سال حبس همراه با تبعید در زندان تبریز در شهریور ماه سال 94 برای تحمل ادامه ی دوران محکومیت خود به زندان مهاباد منتقل شد.

اهدای جایزه رها
بنیاد غیردولتی «سودویند» در اتریش به خاطر فعالیت‌های حقوق‌بشری خسرو کردپور و برادرش جایزه بین‌المللی «رها» را مشترکا به این دو برادر اهدا کرد.
 
واکنش نمایندگان مجلس
شش نماینده مجلس ایران در نامه‌ای به حسن روحانی،رییس‌جمهوری این کشور از او خواستند تا وضعیت مسعود کردپور و برادر او را بررسی کنند. در این نامه که در شهریورماه ۱۳۹۲ نوشه شده از رییس‌جمهوری خواسته شده بود، برای اجرای عدالت،‌مساعدت لازم درباره پرونده برادران کردپور صورت بگیرد.

این نامه را عابد فتاحی نماینده ارومیه، محمد قسیم عثمانی نماینده بوکان، عبدالکریم حسین‌زاده نماینده نقده و اشنویه، حامد قادر مرزی نماینده قروه و دهگلان، امید کریمیان نماینده مریوان و سروآباد و سالار مرادی نماینده سنندج، کامیاران و دیوان دره امضا کرده بودند. عمده این نمایندگان از طیف اصول‌گرای مجلس ایران بودند.

واکنش یک گروه وابسته به سازمان ملل
گروه تحقیق «درباره حبس‌های خودسرانه سازمان ملل» در بهمن‌ماه ۱۳۹۲ خورشیدی به بازداشت و حبس خسرو کردپور و برادرش مسعود واکنش نشان داد.
این بیانیه در روز ۱۶ بهمن ۱۳۹۲ (۵ فوریه ۲۰۱۴) امضا و در نشست این گروه بیان شد. 

واکنش عفو بین‌الملل
سازمان عفو بین الملل با انتشار بیانیه‌ای به حبس خسرو و مسعود کردپور در ایران واکنش نشان داد. در بیانیه‌ای که ۲۲ آذرماه ۱۳۹۲ منتشر شده، عفو بین‌الملل خواستار آزادی فوری و بی‌قید و شرط برادران کردپور شده است.

بیانیه عفو بین الملل دلیل دستگیری برادران کردپور را گزارش وزارت اطلاعات ایران درباره فعالیت‌های روزنامه‌نگارانه عنوان کرده است. این گزارش تاکید می‌کند که،‌مصاحبه با رسانه‌های خارجی در مورد وضعیت حقوق بشر در استان کردستان ایران جزو دلایل محکومیت‌هاست. 

آزادی
خسرو کردپور در نهایت ۱۵ تیرماه ۱۳۹۵ خورشیدی از زندان آزاد شد.