در دهه شصت عضو شورای سردبیری روزنامه «کیان» و پس از آن سردبیر روزنامه‌های توقیف شده «جامعه»، «توس»، «نشاط»، «گوناگون»  و «عصر آزادگان» بود. 
وی دارای کارشناس ارشد علوم سیاسی از دانشگاه لبنان است و به زبان‌های عربی و ایتالیایی نیز تسلط دارد.

دو سال و نیم حبس به اتهام سردبیری چند روزنامه توقیف شده و پرونده «شرکت جامعه روز»

روزنامه‌ «نشاط» به سردبیریشمس الواعظین در سال 1378 با شکایت مدعی‌العموم، نیروی انتظامی و سه نفر از نمایندگان وقت مجلس به اتهامات توهین به مقدسات، تحریک مردم و دانشجویان به اغتشاش و اهانت به نمایندگان مجلس، توقیف شد. 

روزهای پایانی آبان ماه سال 1378، قاضی سعید مرتضوی، رئیس شعبه 1401 دادگاه کارکنان دولت (دادگاه مطبوعات)شمس الواعظین را احضار کرد. در این جلسه دادگاه «محمد سیف‌زاده» به عنوان وکیلشمس الواعظین حضور یافت.

کمی بعد حکم دادگاه بدوی صادر شد و با اعتراضشمس الواعظین به رای دادگاه، پرونده به دادگاه تجدید نظر ارسال شد. او به دو سال و نیم حبس محکوم شده بود.

از دلایل تشکیل این پرونده روزنامه‌های توقیف شده‌ای بود که او سردبیری آن‌ها را بر عهده داشت.

روز 21 فروردین ماه سال 1379 زمانی کهشمس الواعظین به پیشنهاد «نعمت احمدی» برای عرض شادباش نوروز به دیدار سعید مرتضوی به دادگاه رفت، مرتضوی با تماسی تلفنی تایید رای دادگاه بدویشمس الواعظین را اخذ و بالافاصله این روزنامه‌نگار را برای تحمل 2 سال و نیم حبس راهی زندان اوین کرد.

نعمت احمدی، وكيل دیگر ماشاالله شمس‌الواعظين با گذشت یک سال از زندان این روزنامه نگار، روز 2 مرداد 1380 به ایسنا گفته بود: «محكوميت به حبس موكلم، از 2 بهمن ماه 79 ، ديگر موضوعيت ندارد اما به خاطر قرار بازداشتي پيرامون پرونده‌ «شركت جامعه‌ روز» همچنان در زندان به سر مي‌برد. 

به مناسبت فرارسيدن سالگرد پيروزي انقلاب در سال 79 ، كليه محكومان زير پنج سال حبس كه يك سوم از دوران محكوميت خود را گذرانده بودند، مورد عفو مقام معظم رهبري قرار گرفتند. اين عفو برای سارقان و قاچقچیان است اما به طور طبیعی شامل حال ماشاءالله شمس‌الواعظين هم مي‌شود. اما وي، قرار بازداشتي پيرامون پرونده‌ي شركت جامعه‌ روز دارد كه هنوز توديع آن را نپذيرفته‌اند و در صورت پذيرش توديع اين قرار، شمس‌الواعظين از زندان آزاد خواهد شد.»

با این وجود شمس الواعظین پس از دو سال و نیم اواسط سال 1381 از زندان آزاد شد. 

با گذشت شش سال، روز 18 تیر ماه 1387 بود که «محمد سيف‌زاده»، دیگر وکیلشمس الواعظین در مصاحبه‌ای به ایسنا گفت که «شعبه‌ 1083 دادگاه عمومي تهران» برای پرونده شرکت جامعه روز، موکلش را به 40 ميليون ريال جزاي نقدي بدل از 10 ضربه شلاق و هشت ماه و 10 روز حبس تعزيري با احتساب ايام بازداشت قبلي محکوم کرده است.
اتهامات شمس الواعظین در این پرونده «نشر اکاذیب» و «افترا» به دلیل نوشته‌هایش اعلام شد.

بیش از 6 احضار به دادسرا طی دو سال و نهایتا قرار منع تعقیب

روز 18 بهمن ماه سال 1382 دستور احضارشمس الواعظین به دادسرای عمومی و انقلاب تهران صادر شد.

شاکی پرونده دادستان وقت تهران بود و عناوین اتهامی این روزنامه‌نگار «نشر اکاذیب» و «توهین» عنوان شده بود. پرونده وی به دادسرای جرایم کارکنان دولت و رسانه ارجاع شد و بازپرس حسینیان از شعبه ششم دادسرای جرایم کارکنان دولت و رسانه مسئول رسیدگی به این پرونده بود. 

چند روز بعدشمس الواعظین که به دعوت فدراسيون روزنامه‌نگاران كانادا و دانشگاه تورنتو به کانادا رفته و به ایران برگشته بود، اعلام کرد قصد حضور در دادگاه را ندارد چرا که احضاریه‌ای دریافت نکرده است.

روز 21 خرداد ماه 1383شمس الواعظین به اتهام «تبليغ عليه نظام» و «نشر اكاذيب» با شکایت مدعی‌العموم به شعبه‌ سوم دادسراي جرايم كاركنان دولت و رسانه‌ها احضار شد که این بار هم عنوان کرد قصد حضور در دادگاه را ندارد.

بیست و سومین روز از دی ماه 1383 احضاریه ای دیگر، این بار از شعبه اول بازپرسی دادسرای کارکنان دولت  به دستشمس الواعظین رسید.

وی که سخنگوی انجمن دفاع از آزادی مطبوعات در کشور بود با بیان اینکه تاكنون جمعا 6 احضاريه با مضامين مشابهی همچون نشر اكاذيب و تشويش اذهان عمومي دريافت كرده است و با ابراز اينكه پس از مرگ «زهرا كاظمي» و آنچه كه وبلاگ‌نويسان بازداشت شده گفته بودند، برای حضور در دادسرا، احساس امنيت جاني نمي‌كند، به خبرگزاری ایسنا گفته بود: «مضاف بر اينكه عليه دادستان تهران، شكايات زيادی را مطرح كرده‌ام كه تاكنون به هيچ‌يك از آنها رسيدگي نشده است و مادامی كه به آن رسيدگي نشود نيز حاضر به حضور در دادسرا نيستم.»

سرانجام احضارهای متعدد سال 1382 و 1383 این روزنامه‌نگار به آنجا رسید که در روز هفتم بهمن 1383، شعبه‌ ششم بازپرسي دادسراي كاركنان دولت و رسانه‌ها براي شمس‌الواعظين به اتهام «نشر اكاذيب» قرار منع تعقيب صادر کرد.

شاكی شمس‌الواعظين در اين پرونده مدعي‌العموم عنوان شده بود.

انتخابات بحث برانگیز 1388 و مصاحبه های شمس الواعظین با رسانه های خارجی

در سال 1388، شمس الواعظین، «سخنگوی انجمن دفاع از مطبوعات ایران» بود.

پس از شلوغی‌های روز پنجم دی ماه 1388 که به عاشورای 88 معروف شد، نیروهای لباس شخصی در تاریخ هشتم دی ماه با ارائه یک حکم بدون اسم این روزنامه‌نگار را در منزلش بازداشت کردند.

دو ماه بعد شمس الواعظین از زندان آزاد شد اما پرونده او در شعبه 28 دادگاه انقلاب استان تهران در جریان بود.

اتهامات این روزنامه‌نگار «توهین به رئیس جمهوری» و «تضعیف نظام جمهوری اسلامی» عنوان شد.

روز 19 آذر 1389 این روزنامه‌نگار توسط قاضی «محمد مقیسه»، رئیس شعبه 28 دادگاه انقلاب تهران، به همین دو اتهام به 16 ماه حبس محکوم شد.

 شمس الواعظین در توضیح اتهامات خود، روز 19 آذر ماه به بی بی سی فارسی گفته بود که در حکم شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب تهران آمده است که او در مصاحبه‌ای با شبکه عربی زبان العربیه، محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری ایران را «سرکوبگر» و «مجنون» خوانده است.

وی گفت که این اتهام از اشتباهی ناشی شده که در ترجمه سخنان او از زبان عربی به فارسی اتفاق افتاده است: «من از عبارت جنون عظمت استفاده کردم که به عربی به معنای خودبزرگ‌بینی است. بله! من گفته‌ام که ایشان خودبزرگ‌بین است، ولی نگفتم دیوانه است.»

همچنین شمس الواعظین اتهام دوم خود را مربوط به مصاحبه‌های او با شبکه های تلویزیونی بی بی سی و العربیه، سایت روز آنلاین و مجله اشپیگل مربوط دانسته بود. 
به گفته او، در حکم دادگاه آمده کهشمس الواعظین در این مصاحبه‌ها علیه حکومت جمهوری اسلامی «سیاه نمایی» کرده، این حکومت را «سرکوبگر» دانسته و روزنامه نگاران ایرانی را «طعمه‌ای گرفتار شده در چنگال رژیم» خوانده است. 

دادگاه این روزنامه نگار را متهم کرده بود که با گفتن این سخنان و همچنین دفاع از یک متهم زندانی که کارمند سفارت فرانسه در ایران بوده است، به «تضعیف نظام» پرداخته و به همین دلیل برای او یک سال حبس در نظر گرفت.

تیر ماه سال 1390 طی احضاریه‌ای شمس الواعظین جهت تحمل 16 ماه حبس به زندان فراخوانده شد. مقامات قضایی، همزمان با ارسال اخطاریه‌ای دیگری برای مادر آقایشمس الواعظین، وثیقه‌گذار ایشان، به وی اعلام کرده بودند که ظرف مهلت ۲۰ روز از رویت آن و در صورت عدم مراجعه، وثیقه ایشان ضبط خواهد شد. 
این حکم تاکنون به اجرا در نیامده است.

سخنرانی کنگره IPI  آفریقای جنوبی در خصوص وضعیت روزنامه‌نگاری در ایران

در تاریخ 25 آذر 1392 وزارت اطلاعات در تماسی با این روزنامه‌نگار خبر لغو ممنوع الخروجی او را اعلام کرد.

چند ماه بعد در 25 فروردین سال 1393 این روزنامه‌نگار با حضور در کنگره‌ IPI در شهر «کیپ‌تاون» آفریقای جنوبی، ضمن سخنرانی در این مراسم، جایزه‌ جهانی آزادی مطبوعات را دریافت کرد. 

این روزنامه نگار در مراسم کنگره IPI گفته بود: «من از کشوری می‌آیم که در آن، فصل‌های سال چهار تا است؛ فصل بهار، فصل تابستان، فصل پاییز و فصل زمستان، مانند همه‌ی نقاط جهان به استثنای دو قطب منجمد شمال و جنوب، اما فصل‌های رکن چهارم دموکراسی، یعنی مطبوعات در ایران فقط سه فصل است. فصل تابستان بسیار داغ، فصل پاییز و خزان و فصل زمستان بسیار سرد و منجمد!»

آخرین روز خرداد 1393 احضاریه‌ای از سوی «دادسرای اوین» به شمس الواعظین ابلاغ شد که در آن خواسته شده بود ظرف سه روز خود را برای ادای پاره‌ای از توضیحات به این دادسرا معرفی کند، در غیر این‌صورت حکم جلب برای او صادر خواهد شد.

در همین روز احضاریه دیگری مبنی بر ممنوع‌الخروج بودن به دستش رسید. در این احضاریه آمده بود که او می‌تواند ظرف 20 روز به این حکم اعتراض کند.

شمس‌الواعظین چهار سال بعد، در سال 1397 در مصاحبه ای با خبرگزاری ایرنا در خصوص این پرونده گفته بود: «چهار سال پیش به خاطر سخنانی كه در مراسم اهدای جایزه جهانی آزادی مطبوعات داشتم پرونده ای برایم تشكیل و نهایتا به موجب حكم شعبه 15 دادگاه انقلاب به 14 ماه حبس محكوم شدم. پس از آن به حكم صادره اعتراض كردم تا پرونده در مرجع تجدید نظر بررسی شود. همان چهار سال پیش دادگاه تجدید نظر جلسه ای با حضور ضابطان پرونده برگزار كرد و بعد از آن دیگر هیچ حكمی به من ابلاغ نشد و من نیز هیچ گونه فعالیت مطبوعاتی نداشته ام.»

سکوت چندساله آقای سردبیر

29 دی ماه 1397  ماشااللهشمس الواعظین طی احضاریه‌ای به دادسرای اوین فراخوانده شد. وی 5 روز فرصت داشت تا خود را به این دادسرا معرفی کند. 
آقایشمس الواعظین دوم بهمن ماه در این باره به ایرنا گفته بود: «چند روز پیش كه همسرم به دادسرا مراجعه كرده بود. به او گفتند كه من فعالیت داشته ام در صورتی كه در طی این سال ها به جز مزرعه داری و تدریس مواد درسی روزنامه نگاری هیچ فعالیت دیگری نداشته‌ام و نمی دانم احضاریه صادر شده مربوط به پرونده قبلی است یا خیر در هر صورت شنبه هفته آینده به دادسرا مراجعه می كنم تا علت احضار مشخص شود.»

چند روز بعد شمس الواعظین اعلام کرد: «در آخرین ساعات اداری هفته از مرجع عالی قضایی اطلاع دادند که موضوع احضار این جانب به دادسرا منتفی شده و ایشان به دادسرای مزبور مراجعه نکند.»

با گذشت چند ماه روز دوم اردیبهشت 1398 نایب رئیس انجمن صنفي روزنامه نگاران ایران عنوان کرد که حكم جلب او صادر و به دادسراي اوين احضار شده است.

فردای آن روز ماموران امنیتی دادسرای اوین به قصد بازرسی و جلب او به منزلشمس الواعظین رفتند که او در آن زمان در منزل نبود.
کانال تلگرامی انجمن صنفی روزنامه نگاران در این باره نوشته بود: «شمس‌الواعظین پس از اطلاع از این موضوع، ضمن ابراز شگفتی اعلام کرد که پس از بازگشت به تهران، به زودی به دادسرای اوین مراجعه خواهد کرد.»

هنوز هیچ یک از دو حکم 16 و 14 ماه حبس آقای شمس الواعظین به اجرا در نیامده است. در سال‌های اخیر این روزنامه‌نگار فعالیت چندانی نداشته است.