ماموران امنیتی در تاریخ ۱۶ تیرماه 1388 محمدرضا یزدان‌پناه را در منزلش بازداشت کردند. او 17 روز را در محل در زندان انفرادی به سر برد و در اوایل مرداد ماه از زندان آزاد شد. 

در پرونده او بیش از چهار عنوان اتهامی قید شده بود. 

پس از آزادی از زندان این روزنامه‌نگار در وبلاگ خود نوشت به «اقدام علیه امنیت ملی» از طریق شرکت در تجمعات اعتراضی پس از انتخابات دهم ریاست جمهوری، «فعالیت تبلیغی علیه نظام جمهوری اسلامی» از طریق انتشار مطالب خلاف واقع در روزنامه ها، سایت‌ها و وبلاگ شخصی، «تشویش اذهان عمومی» توسط القای انجام تقلب در انتخابات ۲۲ خرداد 1388 و «همکاری با دول متخاصم» از طریق مصاحبه با رسانه های بیگانه وابسته به این دولت‌ها  متهم شده است.

این اتهامات به طور شفاهی و از طریق بازجو به وی اعلام شده بود.

یزدان‌پناه سابقه همکاری با روزنامه‌های چون «کارگزاران»، «یاس نو»، «اقبال»، «فرهیختگان»، «هم‌میهن»، و سایت های «آفتاب» و «موج سبز» را در کارنامه خود دارد.

او  پس از آزاد شدن از زندان از کشور خارج شد. پس از آزادی از زندان، از ایران خارج شد. چند سالی روزنامه‌نگار «روز آنلاین» بود و در مورد روزنامه‌نگاران دربند می‌نوشت.  

پس از آن در  «رادیو فردا» در شهر پراگ مشغول به کار شد. این روزنامه‌نگار در  شهریور ماه 1393 از این رسانه اخراج شد. 

او در حال حاضر در پراگ زندگی می‌کند.