پرونده اول

او در مهر ماه سال ۱۳۸۷ به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» بازداشت و به چهار سال حبس و پنج سال تبعید محکوم شد.

مطالب او در سایت «نقشینه» و روزنامه‌های «خرداد» و «فتح» منتشر شده است.

مجتبی لطفی، شاگرد آیت الله منتظری و از مسوولان واحد اطلاع‌رسانی دفتر آیت‌الله منتظری برای اولین بار در اردیبهشت ماه سال ۱۳۸۳ به اتهام افشای نوار اعترافات قتل‌های زنجیره‌ای توسط باند سعید امامی توسط نیروهای امنیتی در شهر قم بازداشت شد و پس از گذراندن چهار ماه زندان در روز 24 مرداد ماه‌‌ همان سال در دادگاه ویژه روحانیت شهر قم به «سه سال و ده ماه» زندان محکوم شد، اما به علت بیماری شدید و اینکه مجروح شیمیایی(بیماری برنشست و کلاستر) است این مدت زمان زندانش با پرداخت ۶۵۰ میلیون ریال جریمه نقدی تغییر و به آزادی منجر شد.

لطفی برای بار دوم روز هفدهم مهر ماه سال ۱۳۸۷ دستگیر شد و مدت پنجاه روز را در انفرادی گذراند.

پرونده او این بار در دادگاه ویژه روحانیت قم به ریاست قاضی «حسین بهرامی» مورد رسیدگی قرار گرفت و او به اتهامات «فعالیت تبلیغی علیه نظام» از طریق اشاعه افکار آیت‌الله منتظری و «همكاری با شبكه هاي ماهواره‌ای خارجي و ضدانقلاب» به چهار سال زندان و پنج سال تبعید از شهر قم محکوم شد.

رسانه های منتقد، بعد از دستگیری این طلبه وبلاگ‌نویس و خبرنگار گفتند که بازداشت او به علت ارتباطش با دفتر آیت‌الله منتظری رخ داده است.

لطفی بعد از صدور حکم و به دلیل مشکلات حاد تنفسی که در بند ویژه روحانیت زندان لنگرود  قم برایش ایجاد شده بود، به مرخصی درمانی آمد اما موظف بود مرتب خود را به زندان معرفی کند. با این حال در روز هیجدهم فروردین ماه سال ۱۳۸۹ وقتی صبح برای معرفی خودش به زندان مراجعه کرد، از خروج او ممانعت به عمل آوردند.

«سعید لطفی»، فرزند مجتبی لطفی در روز سی‌ام فروردین ماه سال ۱۳۸۹ با انتشار نامه‌ای در رسانه ها در مورد وضعیت پدرش اطلاع رسانی کرد. او نوشته بود: «برای پدرم ۴ سال حبس و ۵ سال تبعید بریدند، گفتند جاسوس است در بیت فقیه عالیقدر (ره)، گفتند سی دی مبتذل دارد، واقعا نمی‌دانم فیلمی که یکی از کارگردانان حال و حاضر و مطرح این کشور در مورد فقر و فحشا درست کرده، حالا مبتذل می‌شود. مادرم را در حال ریختن به خانه هل می‌دهند و ضربه‌ای به دستش می‌خورد. بدون اجازه وارد می‌شوند، پدر شیمیائی اکسیژن بر دهان دارد بلندش می‌کنند خانه را به هم می‌ریزند، فیلم می‌گیرند. نمی‌دانم اسمش را چه بگذارم، شاید عملیات والفجر بگذارم بهتر است.»

مجتبی لطفی در دوران حبس خود مجددا با‏ ‏پرونده‌ای جدید روبرو شد. اتهام جدید وی شرکت در تشییع جنازه‏ ‏آیت‌الله منتظری در ایامی بود که در مرخصی زندان به سر می‌برد.

این روحانی در ‌‌نهایت، پس از تحمل 21 ماه حبس در‏ ‏زندان لنگرود قم در تاریخ هیجدهم تیرماه سال 1389 به مدت پنج سال به شهر «آشتیان» از توابع استان‏ ‏مرکزی تبعید شد.

مجتبی لطفی اسفند ماه 1398 در این باره به «خبرنگاری جرم نیست»، گفت پس از اتمام دوره تبعید خود از آشتیان به قم رفته و در این شهر زندگی می‌کند.

پرونده دوم
نیروهای امنیتی روز ۹ بهمن ۱۳۹۹ به طور همزمان به خانه «عمادالدین باقی» روزنامه نگار و «مجتبی لطفی» محقق و «مهدی نظری» مستندساز هجوم برده و برخی وسایل شخصی از جمله کامپیوتر  و تلفن همراه آنها را با خود بردند 

.دو روز بعد دفتر آقای منتظری با نتشار بیانیه‌‌ای نسبت به سوءاستفاده از ساعت‌ها فایل صوتی و فیلم‌های «ربوده» شده توسط ماموران امنیتی از منزل برخی نزدیکان او هشدار داد
در این بیانیه از این اقدام ماموران امنیتی به‌عنوان «سرقت» یاده شده بود: «اینک که چنین خطای فاحشی از سوی یکی از نهادهای امنیتی صورت گرفته و فیلم و صوت ده‌ها ساعت مصاحبه و مستندات دیگر به سرقت رفته، چون بیت آیت‌الله منتظری مسئولیت این مستند را بر عهده داشته است، بدین‌وسیله یادآور می‌شود که هرگونه استفاده از آن‌ها مصداق سرقت و سوء‌استفاده و خلاف شرع و مستوجب پیگرد قانونی است

همچنین دفتر آقای منتظری اعلام کرد که هرگونه استفاده از وسایل ضبط شده، مصداق «سرقت و خلاف شرع» است: «در اینک که چنین خطای فاحشی از سوی یکی از نهادهای امنیتی صورت گرفته و فیلم و صوت ده‌ها ساعت مصاحبه و مستندات دیگر به سرقت رفته، چون بیت آیت‌الله منتظری مسئولیت این مستند را بر عهده داشته است، بدین‌وسیله یادآور می‌شویم که هرگونه استفاده از آن‌ها مصداق سرقت و سوء‌استفاده و خلاف شرع و مستوجب پیگرد قانونی است