خانم وسمقی همراه تعدادی از روشنفکران دینی، در آبان سال ۹۷ طی نامه ای سرگشاده، «نبش قبر پیکر یک هم‌وطن بهائی» را به‌شدت محکوم کردند و این‌گونه اعمال را خلاف دین و اخلاق دانسته و آن‌ را عملی «ضد ملی» خواندند. به اعتقاد امضاکنندگان این نامه چنین کارهایی «همبستگی ایرانیان را نقض یا تضعیف» می‌کند.

صدیقه وسمقی در دوران اقامت خود در خارج دو کتاب زیر عنوان‌های «حتما راهی هست» (یادداشت‌های سخنگوی اولین دوره شورای شهر تهران) و "بازخوانی شریعت" را منتشر کرده است.

آخرین احضار
صدیقه وسمقی برای روز ۴ تیرماه ۱۳۹۹ به دادگاه انقلاب تهران احضار شد. دلیل این احضار،‌مطرح شدن شکایت وزارت اطلاعات ایران با اتهام «تبلیغ علیه نظام» علیه خانم وسمقی عنوان شد.

صدیقه وسمقی برای اولین‌بار در ۲۳ مهرماه ۱۳۹۶ و در بدو ورود به ایران در فرودگاه امام خمینی بازداشت شد. بعدتر دلیل بازداشت او  حکم  ۵ سال حبس تعزیری که به شکل غیابی و در زمان خروج او از کشور برایش صادر شده، اعلام شد. 

این حکم در روز ۱۶ تیر ۱۳۹۳ خورشیدی، در شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب تهران توسط قاضی محمد مقیسه  به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» صادر شده است.

او مدت کوتاهی بعد از بازداشت به دلیل شرایط نامناسب جسمی آزاد شد. 

«محمود علیزاده طباطبایی»، وکیل صدیقه وسمقی به «ایران وایر» گفته بود: «خانم وسمقی بر اساس گزارش وزارت اطلاعات، در سال 90 بعد از خروج قانونی از کشور، به طور غیابی محاکمه و به پنج سال حبس محکوم شده بود.»

صدیقه وسمقی در فروردین ۱۳۹۰  از ایران خارج و به عنوان استاد میهمان در دپارتمان اسلام‌شناسی دانشگاه «جورج آگوست گوتینگن» آلمان مشغول به فعالیت شد. او یک سال  بعد به سوئد دعوت شد.

خانم وسمقی نویسنده مهمان شهر فرهنگی و دانشگاهی «اوپسالا» بود و با دانشکده حقوق «دانشگاه اوپسالا» همکاری آموزشی و پژوهشی داشت. وسمقی در این مدت، دو کتاب «حتما راهی هست» شامل یادداشت های او در زمانی که سخن گوی اولین دوره شورای شهر تهران بود و «بازخوانی شریعت» را منتشر کرد.

به گفته محمود علیزاده طباطبایی، «عضویت در جنبش راه سبز امید»، «عضویت در کمیته حمایت از آسیب‌دیدگان حوادث سال 88» به مصادیق  اتهامات این استاد دانشگاه در پرونده ذکر شده است.

خانم وسمقی در روز ۳۰ مهرماه ۱۳۹۶ درخواست تجدیدنظر به حکمش را به دادگاه ارائه کرد.

محمود علیزاده طباطبایی، وکیل خانم طباطبایی در این باره به ایران وایر گفته بود: «برخورد رییس شعبه به شدت تند بود. از اول خانم وسمقی را با الفاظ ضد انقلاب و وابسته به بیگانه و.. خطاب می‌کرد و وقتی دلایل اتهام را می‌خواستیم، فقط به گزارش وزارت اطلاعات اکتفا می‌کرد.»

طباطبایی گفته بود حکم در نظر گرفته شده برای وسمقی غیرعادلانه و غیرمنصفانه است: «خانم وسمقی در مورد عضویت در راه سبز امید گفتند هرگز عضو آن نبوده‌ام. در مورد کمیته آسیب‌دیدگان انتخابات هم گفتند که این یک تشکیلات قانونی بوده که توسط شورای شهر اصول‌گرا تاسیس شده است و من فقط دفتر کارم را به آن‌ها اجاره داده بودم و عضو آن هم نبودم.»

به گفته علیزاده، قاضی مقیسه به وسمقی گفته است: «شما چه کاره بودی که درباره حکم سنگسار "سکینه محمدی" اظهارنظر کردی؟»

قاضی از وسمقی پاسخ شنيده است: «من صاحب‌نظر و استاد فقه و حقوق اسلامی بودم و در بالاترین دانشگاه کشور، یعنی دانشگاه تهران تدریس می‌کردم.»

دیگر سوال جلسه دادگاه در مورد اعتراض صدیقه وسمقی به مرگ «هاله سحابی» بوده است: «قاضی مقیسه به ایشان گفت در مرگ هاله سحابی، نظام را متهم به رفتار ظالمانه کرده‌ای. خانم دکتر هم گفتند من به مسوولان نظام گفتم جلوی ظلم را بگیرند تا حادثه‌ای مثل کهریزک پیش نیاید.»

با این همه، حرف‌ها و دفاعیات صدیقه وسمقی و محمود علیزاده طباطبایی تاثیری روی تصمیمی که قاضی مقیسه از قبل گرفته بوده، نمی‌گذارند: «قاضی واخواهی را رد کرد و می‌خواست قرار بازداشت صادر کند اما از آن جا که ما می‌خواهیم پرونده را به شعبه تجدیدنظر بفرستیم، گفت قرار وثیقه صادر می‌کنم. یک میلیارد وثیقه صادر کردند که چون خانم دکتر توان تامین آن را نداشتند، به زندان اوین اعزام شدند.»

به گفته این حقوق‌دان، دادگاهی که تشکیل شده، پر از ایراد بوده است: «دادگاه بدون حضور نماينده دادستان و قاضی دوم تشکیل شد. وثیقه به شدت سنگین و نامتناسب بود. ضمن این که وثیقه زمانی صادر می‌شود که بیم فرار متهم برود. وقتی خانم دکتر خودش تصمیم گرفته و از اروپا برگشته که دیگر بیم فرار وجود ندارد.»

در پایان جلسه دادگاه، خانم وسمقی با دستور قاضی بازداشت و به بند زنان زندان اوین منتقل شد. او حدود دو هفته بعد در ۱۴ آبان ۹۶ با تودیع قرار وثیقه یک میلیارد تومانی از زندان آزاد شد.

حکم دادگاه تجدیدنظر
دادگاه تجدیدنظر خانم وسمقی در اردیبهشت سال ۹۷ برگزار شد. براین اساس، محکومیت حبس او از پنج سال حبس تعزیری به  ۵ سال حبس تعلیقی تبدیل شد.

ممنوع الخروجی
صدیقه وسمقی در روز شنبه ۳۰ شهریورماه ۱۳۹۸ در زمان خروج از کشور در فرودگاه امام تهران متوجه شد ممنوع‌الخروج است. به این فعال مدنی گفته شد دلیل ممنوع‌الخروجی‌اش پرونده‌ای است که در زندان اوین هنوز «مفتوح» باقی مانده است.

نامه به رییس جمهوری
در زمانی که این حکم برای خانم وسمقی صادر شد،‌ او خارج از ایران زندگی می‌کرد. او همان زمان نامه‌ای به حسن روحانی، رییس‌جمهور وقت ایران نوشت و در آن فشارها و تهدیدهای وزارت اطلاعات را شرح داد. خانم وسمقی در آن نامه گفت که قصددارد «پس از حدود پنج سال تحمل تبعید» به ایران برگردد.

وسمقی در این نامه نوشته بود: «از سال ۸۷ اعمال محدودیت‌ها نسبت به من روز به روز چنان افزایش یافت که دیگر نه تنها در مجامع عمومی و دانشگاهی، بلکه حتی در مجامع خصوصی و دست آخر در خانه خود نیز مجاز به طرح دیدگاه‌ها و مواضع فکری خویش، حتی در حوزه دین نبودم. محدودیت‌ها به صورت غیرقانونی توسط ماموران وزارت اطلاعات اعمال می‌شد تا آنکه در سال ۸۹ وزارت اطلاعات مرا احضار و صریحا تهدید نمود.»

وسمقی در آن زمان با اشاره به تصمیم خود برای بازگشت به ایران، نوشته بود: «سیاست حاکم، پشیمان سازی کسانی است که به خانه باز می گردند؛ سیاستی که آزادی را برای ما محدود به انتخاب میان سکوت، تبعید و زندان کرده است.»

او در بخش دیگری از نامه‌اش نوشته بود: «دهه 50 و 60 که من و همسرم در آن به سر می بریم، فصل تحمل تبعید نیست. از سوی دیگر، با توجه به شرایط جسمانی و ضعف شدید بینایی، تحمل زندان نیز دشوار می نماید.»

خانم وسمقی همراه تعدادی از روشنفکران دینی، در آبان سال ۹۷ طی نامه ای سرگشاده، «نبش قبر پیکر یک هم‌وطن بهائی» را به‌شدت محکوم کردند و این‌گونه اعمال را خلاف دین و اخلاق دانسته و آن‌ را عملی «ضد ملی» خواندند. به اعتقاد امضاکنندگان این نامه چنین کارهایی «همبستگی ایرانیان را نقض یا تضعیف» می‌کند.

صدیقه وسمقی در دوران اقامت خود در خارج دو کتاب زیر عنوان‌های «حتما راهی هست» (یادداشت‌های سخنگوی اولین دوره شورای شهر تهران) و "بازخوانی شریعت" را منتشر کرده است.