همچنین ماموران حفاظت اطلاعات سپاه در بهمن ماه ۱۳۹۸ منزل این روزنامه‌نگار را تفتیش و برخی از وسایل شخصی او را با خود بردند. این تفتیش در جریان موج فشار بر روزنامه‌نگاران در بهمن ۱۳۹۸ اتفاق افتاد.

از آن تاریخ صفحه توییتری یغما فشخامی از دسترس خارج شده است.  

بازداشت اول - ۱۳۹۳

یغما فشخامی، خبرنگار سیاسی روزنامه روزان یک روز پس از توقیف این روزنامه در تاریخ دوم دی ماه ۱۳۹۳ از سوی ماموران امنیتی بازداشت و روانه زندان اوین شد. 

در تاریخ ۲۹ آذرماه سال ۱۳۹۳ روزنامه روزان ویژه نامه‌ای به مناسبت بزرگداشت پنجمین سال درگذشت آیت‌الله منتظری منتشر کرد و عکس این روحانی را در صفحه نخست روزنامه به چاپ رساند.

 دادستان در تاریخ دوم دی ماه دستور توقیف این روزنامه را به دلیل انتشار عکس منتظری در صفحه اول ویژه‌نامه صادر کرد.

یک روز بعد، در تاریخ سوم  دی ماه ۱۳۹۳ ماموران امنیتی یغما فشخامی را بازداشت کردند.

«امیر فشخامی»، برادر یغما در آن زمان با اظهار نگرانی از وضعیت او به خبرگزاری انصاف نیوز گفته بود: «اجازه‌ی ملاقات با یغما داده نمی‌شود. به گفته‌ی بازپرس نامه‌ای را برای درخواست ملاقات با یغما نوشتم و به اوین رفتم و چند ساعت نیز منتظر ماندم، اما اجازه‌ی ملاقات ندادند. فقط هفته‌ای یک بار می‌توانیم تماس تلفنی داشته باشیم. در تماس تلفنی که با یغما داشتم متوجه شدم حال وی مساعد نیست. یغما به همراه سه نفری که بازداشت شده بودند نیز نامه‌ای اعتراض آمیز نوشته‌اند و گفته شده است که جواب به نامه نیز یک هفته طول می‌کشد که بیاید.»

در آن زمان یکی از اعضای تحریریه روزنامه روزان به خبرنگار ایران وایر گفته بود به احتمال بسیار زیاد انتشار ویژه نامه‌ای به مناسبت بزرگداشت پنجمین سال درگذشت آیت الله منتظری و انتشار عکس این مرجع تقلید و روحانی منتقد در صفحه نخست روزنامه روزان و همچنین انتشار مطلبی که از «شنود تلفن‌ها و اظهارات محمد خاتمی و در اختیار گذاشتن این اظهارات به خبرگزاری تسنیم» سخن می‌گوید، علت اصلی توقیف روزنامه روزان و دستگیری خبرنگار سرویس سیاسی این روزنامه بوده است.

یغما فشخامی تقریبا پس از ۴ ماه زندان در تاریخ ۲۴  فروردین ماه ۱۳۹۴ با قرار وثیقه صد میلیون تومانی آزاد شد.

 اوایل اسفند همان سال روزنامه روزان  رفع توقیف شد.

بازداشت دوم - ۱۳۹۶

برای دومین بار فشخامی۳۰ مرداد ماه ۱۳۹۶ در حالی که در روزنامه روزان فعالیت می‌کرد، در محل کارش بازداشت شد. 

با گذشت چهار ماه بازداشت فشخامی، ۳۰ آذر ماه ۱۳۹۶ با تبدیل قرار از زندان اوین آزاد شد. 

علت بازداشت این روزنامه‌نگار از سوی مقامات رسمی اعلام نشد.

فدراسیون بین‌المللی روزنامه‌نگاران در ۲۷ شهریور ۱۳۹۶ با انتشار بیانیه‌ای خواستار آزادی این روزنامه‌نگار شده بود.

تفتیش منزل - ۱۳۹۸

روز ۱۳ بهمن ماه ۱۳۹۸، نیروهای حفاظت اطلاعات سپاه پاسداران با ورود به منزل یغما فشخامی ضمن تفتیش خانه، برخی از وسایل شخصی این روزنامه نگار از جمله کامپیوتر، تبلت و تلفن همراه او را ضبط کردند و پس از آن از او خواستند تا برای ادای پاره‌ای از توضیحات در زمان و مکانی که به او اعلام خواهد شد، حاضر شود.

در حال حاضر فشخامی آزاد است اما صفحه شخصی او در توییتر از دسترس خارج شده است.

سازمان گزارشگران بدون مرز  سوم اسفند ماه ۱۳۹۸  با اشاره به نام روزنامه‌نگارانی از جمله یغما فشخامی، اقدام خودسرانه و غیرقانونی اطلاعات سپاه، در ممانعت از اطلاع رسانی روزنامه‌نگاران و تحت فشار قرار دادن آنها  را محکوم کرد.

«یغما فشخامی»، روزنامه‌نگار، عصر روز سه شنبه دهم آبان‌ماه ۱۴۰۱، با حضور ماموران وزارت اطلاعات در خانه‌ خود بازداشت شد. گزارش‌ها حاکی از این است که این روزنامه‌نگار، در تمام این چند ساعت تحت بازجویی بوده‌است.