او مدت یازده روز را در بازداشتگاه اداره اطلاعات قم گذراند. هم سلولی احمدرضا، مرحوم مهرداد کریم‌پور، دیگر بازداشت شده مراسم عاشورا بود که بعد‌ها در تصادف خودروی ماموران امنیتی با یک کامیون کشته شد.

پرونده او در دادیاری شعبه چهار دادسرای ویژه روحانیت به ریاست حجت الاسلام انصاری مورد بررسی قرار گرفته و در ‌‌نهایت او با صدور قرار ۲۰ میلیون تومان کفالت آزاد شد.

آن طور که احمدرضا در وبلاگش به نام «پژواک خاموش» از خاطرات آن روز‌ها نقل کرده در طول دوران بازجویی او را به تخلیه فوری منزل سازمانی‌اش و قطع شهریه طلبگی تهدید کرده بودند و او به محض خروج از زندان با دریافت نامه‌ای از سوی معاونت طلاب و دانش آموختگان حوزه علمیه ناچار به تخلیه منزل مسکونی خود شد و این تازه شروع فشارهایی بود که بر این فعال مدنی وارد می‌شد.

او روز بیست و پنجم فروردین ماه سال ۱۳۹۰ با شرح ماجرای ممنوع الخروجی‌اش این طور نوشته است: «چه جرمی مرتکب شدم که  جزایش این است که باید هم حبس بکشم؟ هم خلع لباس بشوم؟ هم چیزی ننویسم؟ هم حرفی نزنم که به چند کیلومتری عبای کسی بر نخورد! و هم این مدت طولانی ممنوع الخروج شوم!؟ آیا چنین مجازاتی سنگین متناسب با اتهامات وارده است!؟ آیا این دستورات و فرمان های ناعادلانه متناسب با فرامین قانونی و شرعی است»؟

اسفند ماه سال ۱۳۸۸ توسط دادگاه دوم ویژه روحانیت قم به ریاست حسین بهرامی حکم پرونده نخست او صادر شد و به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» و «نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی» به یکسال حبس تعزیری و خلع لباس روحانیت محکوم شد ولی بابت اتهام اقدام علیه امنیت ملی از طریق ارتباط ایمیلی با سازمان مجاهدین خلق تبرئه گردید. این پژوهشگر در دفاعیاتش گفته بود که این اتهام آخر به علت دریافت یک ایمیل نا‌شناس و خبرنامه سازمان مجاهدین خلق متوجه او شده است.

احمدپور که از جانبازان جنگ تحمیلی است و به دلیل حضور در مناطق شیمیایی تحت نظر پزشک است، حین گذراندن حکم حبس یک ساله، از ناحیه دست چپ و در چند نقطه دچار شکستگی شد اما مسئولان زندان به مدت دو هفته از اعزام او به بیمارستان خودداری کردند.

این زندانی سیاسی علاوه بر تحمل درد و رنج فراوان، در اعتراض به وضعیت نگهداری بد زندانیان در گرما و سرما در محوطه روباز بند‌ها، کمبود جا و امکانات رفاهی بهداشتی، تغذیه ناسالم، شکنجه زندانیان غیر سیاسی و رفتار به دور از شان انسانی که موجب هتک حرمت زندانیان و زیر پا گذاشتن کرامت انسانی‌شان شده بود، دست به اعتصاب غذای ۱۷ روزه زد. در روزهای اعتصاب نیز اقدام به نوشتن نامه‌ای در قالب شکواییه به دبیرکل سازمان ملل متحد کرد که بعد‌ها همین نامه موجب دستگیری دوباره و محکومیت مجدد او شد.

احمدپور، ۲۵ فروردین ۱۳۹۰، با اشاره به حکم ممنوع الخروجی‌اش این‌طور نوشت: «چه جرمی مرتکب شدم که  جزایش این است که باید هم حبس بکشم؟ هم خلع لباس بشوم؟ هم چیزی ننویسم؟ هم حرفی نزنم که به چند کیلومتری عبای کسی بر نخورد! و هم این مدت طولانی ممنوع الخروج شوم!؟ آیا چنین مجازاتی سنگین متناسب با اتهامات وارده است!؟ آیا این دستورات و فرمان های ناعادلانه متناسب با فرامین قانونی و شرعی است؟»

۲۶ تیر ۱۳۹۰ بار دیگر، احمدپور را در منزلش دستگیر کردند. او ۲۱ روز را در انفرادی اداره اطلاعات قم تحت بازجویی گذراند و پس از آن به «اتهام فعالیت تبلیغی علیه نظام»، «نشر اکاذیب» و «اقدام علیه امنیت ملی از طریق ارتباط ایمیلی با منافقین» – یعنی‌‌ همان اتهامی که در دادگاه نخست بابت آن تبرئه شده بود – به سه سال حبس تعزیری در تبعید (زندان اهواز)، ده سال تبعید به شهرستان ایذه، پرداخت دویست هزار تومان جریمه نقدی بابت داشتن تجهیزات ماهواره و پنجاه هزار تومان جریمه نقدی بابت کشف سی دی مبتذل (سی دی موسیقی) در منزلش، خلع لباس مجدد و محرومیت از مناصب و شهریه طلبگی محکوم شد. 

به این ترتیب، این روحانی دگراندیش را مستقیما به زندان مرکزی قم، بند ویژه روحانیت منتقل کردند. آذر ۱۳۹۰، احمدپور را از زندان مرکزی قم به زندان سپیدار اهواز و بعد از چند ماه به زندانی بیرون از اهواز در جاده مسجد سلیمان که به گفته او، زندانی بسیار محروم و وحشتناک بود، انتقال دادند. از آنجا نیز پس از مدتی به قرارگاه رای باز در‌‌ همان منطقه منتقل شد. یک ماه را در آن قرارگاه گذراند و پس از گذشت یک سال دوباره به زندان ساحلی قم منتقل شد.

او پنج ماه را در زندان ساحلی قم گذراند و در این مدت در اعتراض به کتک‌کاری و شکنجه زندانیان بند مجاور و همچنین عدم رسیدگی به لوایح اعاده دادرسی‌اش دست به اعتصاب غذا زد. از همین رو، مقرر کردند تا او را به زندان یزد منتقل کنند اما این زندانی سیاسی که از جا‌به‌جایی‌های وقت و بی‌وقت از این زندان به آن زندان به استیصال رسیده بود، این‌بار در خصوص انتقال به زندان یزد شدیدا مقاومت کرد و باز دست به اعتصاب غذا زد.

در پی این ماجرا، او را بدون اطلاع قبلی به زندان پارسیلون خرم آباد انتقال دادند و تا بیستم تیر ۱۳۹۲ در آنجا نگه داشتند. سرانجام روز بعد، او را به دادسرای ویژه روحانیت اهواز معرفی کردند تا از آنجا برای گذراندن ده سال تبعید راهی ایذه شود؛ شهری که از محل زندگی خانواده‌اش نهصد کیلومتر فاصله داشت.

شهریور ۱۳۹۲، طی حکمی مدت زمان تبعید او به ایذه از ده سال به دو سال تقلیل یافت. این روحانی منتقد در توضیح روند کاهش حکم خود گفته بود: «زمانی که از سوی دادسرای وی‍ژه روحانیت قم و اهواز به نیروی انتظامی شهرستان ایذه برای گذراندن ۱۰ سال تبعید در ایذه معرفی شدم، به استناد مواد قانون جدید مجازات اسلامی که حداکثر مدت مجازات تکمیلی (مثل تبعید) را دو سال تعیین کرده یک لایحه اعتراضیه نوشتم و خواستم تا این قانون در حق اینجانب اعمال گردد، خوشبختانه دادگاه مربوطه پس از بررسی مطابق قانون عمل کرد.»

این در حالی است که احمدپور در تمام مراحل رسیدگی به اتهاماتش، از دسترسی به وکیل قانونی محروم بود و دادگاه او برخلاف قانون غیرعلنی برگزار شد.

همان سال، دادگاه ویژه روحانیت اهواز به ریاست قاضی قاصدی، احمدپور را به خاطر نوشتن نامه به رهبر جمهوری اسلامی و برحذر داشتن از ستم و دعوت او به رعایت عدالت و تمکین به قانون، به صد روز حبس تعلیقی به مدت سه سال محکوم کرد.

اوایل خرداد ۱۳۹۴، این روحانی تبعیدی از احتمال پایان تبعید اجباری خود در ایذه خوزستان خبر داد. به گفته احمدپور، دادستان ویژه روحانیت خوزستان، اهواز طی نامه‌ای رسمی به کلانتری ۱۲ شهرستان ایذه «پاسگاه ناظر بر اقامت اجباری» آزادی وی را ابلاغ کرده بود.

با وجود این، چندی بعد، او را دوباره به دادسرای ویژه روحانیت قم احضار کردند. احمدپور در یادداشتی که در صفحه فیس بوکش منتشر کرد، در این باره نوشت: «با آغاز ماه رمضان و با این‌که پایان تبعیدم ۲۲ تیرماه است و هنوز مرخصی پایان تبعیدم تمام نشده روز گذشته به دادسرای ویژه روحانیت قم احضار شدم، اگر فردا برگشتم که هیچ، اگر هم بازداشت شدم بالاخره یه روز دیگه باز می گردم، دو سال پیش هم با آغاز ماه رمضان به تبعید اعزام شدم اما پس از دوسال بازگشتم.»

تیر ماه ۱۳۹۵، جمعی از فعالان حقوق بشر و کنشگران مدنی اقدام به صدور بیانیه‌ای درخصوص اعتصاب غذای نرگس محمدی کردند که احمدپور نیز از جمله امضاکنندگان این بیانیه است. فعالان مدنی داخل ایران با صدور این بیانیه از محمدی خواسته بودند با پایان دادن به اعتصاب غذای خود، موجب آرامش خاطر خانواده، فرزندان و دوستدارانش شود.