علی انسان‌دوست در تاریخ ۹ اردیبهشت ۱۳۹۹، در منزلش در شهر رشت در استان گیلان، توسط نیروهای امنیتی بازداشت و  به بازداشتگاه اداره اطلاعات در شهر قم منتقل شد.

این بازداشت با ورود حدود ۲۰ نیروی امنیتی مرد و زن به منزلش صورت گرفت و علاوه بر او، اعضای خانواده از جمله مادر، خواهر و خواهرزاده علی نیز بازداشت شدند؛ همه این افراد پس از ساعاتی بازجویی آزاد شدند. از اقدامات عجیب ماموران در هنگام ورود به منزل، می‌توان به ضبط تمام مراحل بازداشت به وسیله دوربین فیلمبرداری اشاره کرد.

انسان‌دوست که صفحه اینستاگرامی با عنوان «علی خردگرا» دارد، در آخرین پست خود چند روز پیش از بازداشتش نوشته بود: «برای خیلی ها الگو شدم. خیلی ها با حرف هاشون زخمیم کردن، زندگی سگی دارم، دور از خانواده‌ام، خانه به دوشم، همه این سختی هارو تحمل میکنم به امید روزی که کشورمون از چنگال جمهوری اسلامی آزاد بشه تا هیچ کارگری شرمنده زن و بچه‌ش نباشه. صدای من فریاد آزادی جوانان ایران است بر علیه دیکتاتوری خامنه ای فاسد و قدرت طلب، مرگ بر تو خامنه ای ننگ بر تو خامنه ای. از خون جوانان وطن لاله دمیده».

این فعال شبکه‌های اجتماعی، در دوران بازجویی  تحت فشار برای پذیرش مصاحبه تلویزیونی قرار داشت.

او در شهریور ۱۳۹۹ به بند عمومی زندان لنگرود قم منتقل شد.

علی به اتهامات «نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی»، «توهین به رهبری»، «توهین به بنیانگذار جمهوری اسلامی» و «تبلیغ علیه نظام» متهم شد. از جمله مصادیق اتهامات او فعالیت در فضای مجازی و مصاحبه با یکی از رسانه‌های خارج از کشور عنوان شد.

این فعال شبکه‌های اجتماعی در سال ۱۳۹۸، با برنامه «تفسیر خبر» در شبکه ماهواره‌‌ای «ایران فردا» مصاحبه کرده بود و یک بار نیز یک فایل تصویری از او در برنامه «روی خط» شبکه ماهواره‌‌ای «صدای آمریکا» پخش شد.

خبری از اجرای حکم زندان یا آزادی او پس از اجرای حکم تاکنون در رسانه‌ها منتشر نشده است.