توکلی که به اتهام «توهین به مقدسات» و «اجتماع و تبانی برای اقدام علیه امنیت ملی» در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب اسلامی دادگاه به ریاست قاضی «ابوالقاسم صلواتی» محاکمه شده و حکم گرفته است، تا پیش از انتقال به این بند، در اندرزگاه ۸ زندان اوین دوران حبس خود را طی می کرد.

یک منبع نزدیک به این فعال تلگرامی گفته است براساس تجربه های مشابه، احتمال این می‌رود که وزارت اطلاعات قصد پرونده‌سازی جدید علیه وی داشته باشد.

علیرضا توکلی ۳۱ تیر ماه با نگارش نامه‌ای سرگشاده خطاب به «سید محمود علوی»، وزیر اطلاعات با اشاره به حکم پنج سال حبس خود، این حکم را ظالمانه خوانده و نوشته بود:«برخی از عوامل و نااهلان در وزارت تحت امر حضرت‎عالی بوده که به جای توجه به حرفه و کارشان که ایجاد امنیت است، تنها به کار پرونده‌سازی مشغول‌اند تا بدین‌سان رزومه‌های کاری سنگین و درخشان برای خود ایجاد کنند. حال برایشان اهمیتی ندارد که محتوای پرونده‌ها چه باشند!»

علیرضا توکلی، «محمد مهاجر» و «محمد مهدی زمان صالح»، سه تن از فعالان تلگرامی هستند که در سال 1395 بازداشت و هر کدام به ۱۲ سال حبس تعزیری محکوم شدند. حکم زندان این افراد پس از اعتراض، در دادگاه تجدیدنظر با اعمال ماده ۱۳۴ «قانون مجازات اسلامی» تجمیع یافت و اتهام توهین به مقدسات به عنوان اشد مجازات برای آن ها در نظر گرفته شد. به این ترتیب، حکم هر کدام به پنج سال حبس تعزیری تقلیل یافت.

دادگاه مصداق اتهامات آنها را «نوشتن مطالب توهین‌آمیز در شبکه اجتماعی تلگرام» عنوان کرده بود. این سه شهروند 25 ساله در مراحل بازجویی (تحقیقات مقدماتی) در بند ۲۰۹ زندان اوین از دسترسی به وکیل محروم بوده‌اند.

یک منبع مطلع به کمپین حقوق بشر در ایران گفته است: «این افراد در فیس‎بوک و تلگرام مطالب و یا کاریکاتورهای انتقادی، سیاسی و عقیدتی پست و یا از دیگران منتشر می کردند ولی عمده اتهام‏شان، یک گروه تلگرامی بوده که درباره موضوعات سیاسی و مذهبی بحث می‌کردند و فقط ابراز عقیده در یک گروه تلگرامی بوده است.L

توکلی که به بیماری‌های درد مفاصل و درد در ناحیه روده دچار است، با وجود تجویز دارو توسط پزشک بهداری زندان، هیچ تغییری در شرایطش رخ نداده است زیرا برخی از داروهای مورد نیاز وی خارجی هستند و باید از خارج از زندان تهیه شوند.

چندی پیش با درخواست آزادی مشروط علیرضا توکلی، محمد مهاجر و محمدمهدی زمان صالح با دخالت وزارت اطلاعات از سوی مراجع قضایی مخالفت شد.

او در تاریخ  ۲۸ دی ۱۳۹۷ پس از دو سال و شش ماه زندان با عفو آیت‌الله خامنه‌ای از اوین آزاد شد.