آرش هنرور شجاعی در بدو ورود به حوزه نام مستعار «محمد صادق» را برای خود انتخاب کرد و تا پیش از دستگیری، مقاله‌ها و نوشته‌هایش را در وبلاگی با عنوان «یادداشت‌ها و برداشت‌ها» منتشر می‌کرد. او از سال ۱۳۸۸ وارد عرصه وبلاگ‌نویسی شد و نخست وبلاگ‌هایی از قبیل «مقالات و مقولات» و «نقادی عقل اجتهادی» را برای انتشار آثار و دروس خود راه‌اندازی کرد. 

این روحانی و دین‌پژوه جوان پس از مدتی با تاسیس وبلاگ «یادداشت‌ها و برداشت‌ها» دست به انتشار حقایقی در باب حوزه و روحانیت و تاریخ انقلاب اسلامی زد و خوانندگان فراوانی به خود جذب کرد.

اما او در تاریخ ششم آبان ماه سال ۱۳۸۹ توسط ماموران وزارت اطلاعات در خانه‌اش دستگیر شد. ماموران امنیتی در ورودی خانه پدری او را شکستند و وارد خانه شده و پس از تفتیش منزل، او را بازداشت کردند. آقای شجاعی در زمانی که در سلول انفرادی بود پدرش را از دست داد.

آرش هنرورشجاعی پس از بازداشت به اتهامات «فعالیت تبلیغی علیه نظام»، «جاسوسی»، «اقدام علیه امنیت ملی» و «هتک حیثیت مقام روحانیت» به چهار سال حبس تعزیری، ۸۰۰ هزارتومان جریمه نقدی، ۵۰ ضربه شلاق و خلع لباس از روحانیت به صورت مادام‌العمر محکوم شد.

این روحانی منتقد تا پیش از دوران انفرادی و زندان، بیماری صرع نداشت اما در دوران بازجویی و تحت فشارهای شدید عصبی مبتلا به بیماری صرع شد و اواخر نیز تشنج و حملات عصبی‌اش روز به روز افزایش یافته بود به شکلی که چندین بار برای این زندانی کمیسیون پزشکی از سوی پزشکی قانونی مرکز استان تهران تشکیل شد و شرایط او مورد ارزیابی قرار گرفت. بار نخست توسط پزشکی قانونی غرب تهران اعلام شد که او نیاز به مرخصی استعلاجی دارد و باید درمانش را بیرون از زندان پیگیری کنند اما قاضی پرونده به اعطای مرخصی موافقت نکرد و بار دوم هم پزشکی قانونی برای او برگه عدم تحمل کیفر و زندان را صادر کرد.

او یکبار هم در زندان سکته کرد و شرایط دشواری را از سر گذراند و در اعتراض به اینکه به او حق مرخصی استعلاجی داده نشده بار‌ها دست به اعتصاب غذا زد.

اردیبهشت ماه ۱۳۹۲، این روحانی پس از گذراندن حدود سی ماه حبس در زندان، در شعبه  سوم دادگاه ویژه روحانیت به ریاست قاضی باقری زیاری به اتهام «توهین به آیت الله خمینی» و «نقض حکم خلع لباس روحانیت» به ۱۵ ماه دیگر حبس محکوم شد.

این دین‌پژوه در مورد پوشیدن لباس روحانیت بعد از خلع لباسش در گفت‌وگویی با  کمپین بین المللی حقوق بشر ایران در شهریور ۱۳۹۲ گفت: «دادگاه ویژه روحانیت قبلا من را به خلع لباس مادام العمر محکوم کرده، که من به آن‌ها گفتم مراجع این لباس را به تن من کرده‌اند و نه حکومت. بنابراین اگر مراجع از من بخواهند من لباسم را در خواهم آورد و آن‌ها نمی‌توانند این حکم را صادر کنند. سال گذشته که به مرخصی آمدم، به قم رفتم و در آنجا لباس روحانیت بر تنم کردم و مراجع نیز مشکلی با آن نداشتند. اما دادگاه مجددا من را به اتهام نقض حکم خلع لباس به سه ماه حبس محکوم کرد.»

بسیاری بر این باورند که دلیل صدور احکام سنگین و پرونده‌های متعدد برای این روحانی وبلاگ نویس عضویت در گروه «مُتقن» - مدرسین مشهد، تهران، قم و نجف و صدور بیانیه‌های این گروه در حمایت از جنبش اعتراضی مردم ایران و نزدیکی او با بیت آیتالله حسینعلی منتظری بوده است.

اواخر تیر ۱۳۹۲، این زندانی عقیدتی در آستانه شروع دومین محکومیت پانزده ماهه خود در زندان اوین دست به اعتصاب غذا زد. او به دلیل وخامت اوضاع جسمانی‌اش نامه تایید عدم تحمل کیفر از سوی پزشکی قانونی جمهوری اسلامی دریافت کرده بود اما مقام‌های قضایی آن را نادیده گرفتند. او در اعتراض به بی‌توجهی به وضعیت سلامتی‌اش از سوی مسوولان و همچنین در اعتراض به تعیین قرار وثیقه‌ای سنگین یک میلیارد تومانی توسط دادگاه برای آزادی موقت‌اش دست به اعتصاب غذا زد. 

آرش هنرور شجاعی در شهریور ماه ۱۳۹۲ در روزهایی که به مرخصی آمده بود، در گفت‌وگو با کمپین بین‌المللی حقوق بشر در ایران تاکید کرد کارهایی که برای سرکوب او انجام می‌دهند بی‌نتیجه است. او گفته بود: «بالاخره زندان تمام می‌شود و آدم بیرون می‌آید. نهایتا به بدن و سلامتی انسان آسیب می‌زنند اما روح انسان را که از او نمی‌توانند بگیرند. در بیرون به اطرافیانم فشار می‌آورند و شاگردان و کسانی که با من رفت‌وآمد دارند را احضار می‌کنند. اینها کارهای بیهوده‌ای است و با این کارها جلوی تفکر را نمی‌توانند بگیرند. حالا گیرم که من از هستی ساقط شدم تفکرم که می‌ماند! نمی‌دانم، من وقتی به رفتاری که با من می‌کنند نگاه می‌کنم بیشتر خنده‌ام می‌گیرد.»

این روحانی دو سال آخر دوره محکومیتش از مرخصی محروم بود و در نهایت، در تاریخ ۱۲ دی ۱۳۹۴ پس از تحمل پنج سال و سه ماه حبس از زندان اوین آزاد شد. او بیشترین دوران حبس خود را در بندهای ۳۵۰ و بند ویژه روحانیت زندان اوین سپری کرد.