4 بازداشت و بیش از 6 سال حبس 
خانم هدایت برای اولین در تجمع روز 22 خرداد ماه 1385 که به دلیل اعتراض به نقض حقوق زنان در قوانین ایران برگزار شده بود و با ورود نیروهای امنیتی و پلیس به خشونت کشیده شده بود، بازداش شد. نتیجه این بازداشت محکومیت این فعال حقوق زنان به دو سال حبس بود که به مدت 5 سال به تعلیق در آمد.

یک سال بعد در تجمع روز 18 تیر ماه 1386 مجدداً بازداشت شد. او که از اعضای شورای مرکزی دفتر تحکیم وحدت بود به علت تحصن مقابل دانشگاه امیرکبیر در اعتراض به برخوردهای غیرقانونی جمهوری اسلامی به دانشجویان در روز 18 تیر ماه بازداشت شده بود. این تحمع به مناسبت سالروز 18 تیر ماه 1387 برپا شده بود.

این عضو شورای مرکزی تحکیم وحدت پس از یک ماه حبس در بند 209 زندان اوین متعلق به وزارت اطلاعات با قید وثیقه آزاد شد. این پرونده تا خرداد ماه 1389 مورد بررسی قرار نگرفت.

یک سال بعد از این ماجرا، این فعال دانشجویی روز 23 تیر 1387 در تجمعی دیگر به مناسبت سالروز 18 تیرماه 1378 برای بار سوم بازداشت شد و مدتی بعد آزاد شد. منابع مختلف آوردند کارت مراسم عروسی بهاره هدایت و امین احمدیان به تاریخ ۲۳ تیرماه بود و صبح روز عروسی ایشان بازداشت و راهی بند 209 زندان اوین شده بودند.

پیش از انتخابات ریاست جمهوری سال 1388 که هنوز اعتراضات نسبت به نتایج در کشور برپا نشده بود. خانم هدایت شب عید سال 1388 در تجمعی که جهت آزادی زندانیان سیاسی مقابل زندان اوین شکل گرفته بود، شرکت و در همانجا بازداشت شد. این پرونده تا خرداد 1389 مورد بررسی قرار نگرفت.

خانم هدایت روز نهم دی ماه سال 1388 در پی اعتراضات زنجیروار سراسری در خصوص انتخابات بحث برانگیز دوره دهم ریاست جمهوری بازداشت شد. این بازداشت چند روز پس از «عاشورای88» صورت گرفته بود. وی پس از چند ماه حبس در بند ۲۰۹ زندان اوین، در اردیبهشت ماه 1389 توسط شعبه 28 دادگاه انقلاب به ریاست قاضی مقیسه به ۷ سال و شش ماه حبس تعزیری محکوم شده بود.

اتهامات مطروحه علیه او تبلیغ علیه نظام، اقدام علیه امنیت ملی از طریق صدور بیانیه و انجام مصاحبه با رسانه های خارجی، شکستن درب دانشگاه امیرکبیر در روز حضور مهدی کروبی در این دانشگاه، توهین به رهبری و توهین به رئیس جمهوری بود.

او در این پرونده به اتهام تبلیغ علیه نظام و اقدام علیه امنیت ملی از طریق بیانیه و مصاحبه، شکستن در دانشگاه به 5 سال حبس، توهین به رهبری، دو سال حبس و توهین به رئیس جمهور به 6 ماه حبس محکوم شده بود.

همچنین پرونده پیشین بهاره هدایت در رابطه با بازداشت وی در روز ۲۲ خرداد سال 1385 در میدان هفت تیر نیز با این پرونده تجمیع شد و و مدت حبس او از 7 سال و شش ماه به 9 سال و شش ماه افزایش یافت.
براساس اطلاعات منتشر شده در این پرونده، دو پرونده دیگر خانم هدایت مربوط به سال‌های 1385 و 1387 تجمیع شد.

در خصوص پرونده سال 1386، این فعال سیاسی روز 6 خرداد ماه 1389 در حالی که در زندان اوین محبوس بود، به شعبه بازپرسی امنیت دادگاه انقلاب احضار شد. این شعبه خانم هدایت را به دلیل عضویت در مجموعه غیرقانونی دفتر تحکیم وحدت درتاریخ 6 تیر ماه 1389 ممنوع‌الخروج کرد. در این پرونده آقای «میلاد اسدی» نیز هم ردیف خانم هدایت بود و او نیز ممنوع‌الخروج شده بود.

روز دوم مرداد ماه 1389 حکم 9 سال و نیم حبس خانم هدایت که از سوی شعبه 28 دادگاه انقلاب صادر شده بود، در شعبه 54 دادگاه تجدید نظر استان تهران تایید شد. 

حکم بهاره هدایت بی‌سابقه ترین محکومیت یکی از اعضای شورای مرکزی اتحادیه انجمن های اسلامی دانشگاه های سراسر کشور (دفتر تحکیم وحدت) از ابتدای تشکیل این انجمن ها بود.

شهریور ماه 1389 در ادامه بررسی پرونده‌های خانم هدایت شعبه 1053 دادگاه عمومی جزایی استان تهران به بررسی پرونده نوروز 1388 خانم هدایت پرداخت.

6 شهریور ماه 1389، هوشنگ پوربابایی، وکیل مدافع خانم هدایت به ایلنا گفته بود: «موضوع این پرونده موکلانم مربوط به حضور آنان در زمان سال تحویل سال ۸۸ در مقابل زندان اوین است که منجر به بازداشت آن ها می‌شود.»

اتهام خانم هدایت و آقای اسدی در این پرونده «اخلال در نظم عمومی» عنوان شده بود.

در پی انتشار یک نامه منتسب به دو فعال دانشجویی که روز 16 آذر ماه 1389 به مناسبت روز دانشجو در رسانه های فارسی زبان خارج از کشور و محافل دانشجویی به شکل گسترده منتشر شده بود، در تاریخ 6 دی ماه 1389، شعبه 4 بازپرسی دادسرای اوین «مجید توکلی» و بهاره هدایت را احضار و اتهامات «تبلیغ علیه نظام» و  «اقدام علیه امنیت از طریق تبانی علیه نظام» تفهیم کرد. 

بازپرس مستقر در دادسرای اوین از بهاره هدایت و مجید توکلی خواسته بود انتساب این نامه به خود را طی یک مصاحبه تلویزیونی تکذیب کنند.

عدم پذیرش این موضوع از سوی این دو فعال دانشجویی باعث شد تا پرونده ای برای آن ها در شعبه 28 دادگاه انقلاب به ریاست قاضی مقیسه شکل بگیرد.

روز 10 اردیبهشت ماه 1390 دادگاه مربوط به این پرونده برگزار شد. سه روز بعد رای دادگاه ابلاغ و این دو فعال دانشجویی از بابت اتهام فعالیت تبلیغی علیه نظام به شش ماه حبس محکوم و از دیگر اتهام به دلیل نقص ادله تبرئه شدند.

این حکم در تاریخ 10 آبان ماه 1390 در شعبه 54 دادگاه تجدید نظر استان تهران عیناً تایید شد.

با وجود اینکه بیشترین مجازات خانم هدایت 5 سال و نیم حبس بود؛ به استناد به ماده 134 قانون مجازات اسلامی که محکوم از میان مجازات‌های صادره تنها باید بیشترین میزان آن را متحمل شود، مسئولان قوه قضائیه در خرداد ماه 1394 با وجود به پایان رسیدن دوره محکومیت این فعال دانشجویی از آزاد کردن او سرباز زده بودند.

محبوبه جوادی، مادر بهاره هدایت در این باره روز 15 مرداد مه 1394 به «روز» گفته بود: « آقای نصیری پور، قاضی اجرای احکام در زندان رسما به بهاره گفته که از نظر قانونی و با توجه به ماده ۱۳۴ حکم اش تمام شده و باید آزاد شوید. او گفته که می توانید از نظر قانونی شکایت کنید. ولی ما از کی به کی و کجا شکایت ببریم، الان چند ماه است هرکجا همسرو وکیل بهاره می روند به آنها می گویند که ما نامه زده ایم اما می روند دادگاه و می شنوند که نامه نیامده یا نامه گم شده، آخر این چه وضعیتی است، کاملا مشخص است که دارند آزار می دهند، دارند اذیت می کنند،من می خواهم بدانم چرا، به من بگویند چرا، دختر من مگر چی گفته جز اینکه احمدی نژاد فاسد و دروغگوی بی لیاقت و متقلب است،  خب الان که همه خودشان دارند همین ها را می گویند. معاونان اش هم که چند متر آن طرف تر از بهاره توی زندان هستند به جرم فساد و اختلاس و دزدی.»

روز 4 شهریور ماه 1394 در نامه‌ای که سایت کلمه به نقل از بهاره هدایت که برای امید احمدیان، همسرش نوشته بود، خبر از اجرای محکومیت دو ساله خانم هدایت در خصوص پرونده سال 1385 او داد، این در حالی بود که 4 روز پیش از ابلاغ اجرای احکام، حکم آزادی خانم هدایت صادر شده بود و ایشان 4 روز به طور غیرقانونی در زندان نگه‌داری شدند: «بعد ازظهر بود. خواب بودم. خواب؛ انگار بدنت رو بذاری یه گوشه و بگی: “همین جا باش الان برمیگردم” و خودت بری تو کوچه های خیال پرسه بزنی؛ تو خیال ساده ی زندگی… “بهار پاشو، باید بری اجرای احکام” تا بدنم لباس بپوشه و خودشو برسونه پایین پله ها، منم نفس زنون بهش میرسم و دوتایی می ریم دفتر… تو اجرای احکام زندان یه نامه ی دستنویس بهمون نشون میدن که میگه حکم آزادی اومده؛ چهار روز پیش. و همین امروز حکم اجرای دو سال تعلیقی به زندان ابلاغ شده… من نشسته ام و برگه رو نگاه می کنم. بدنم وایستاده با مرد پشت میز حرف میزنه: “حکم آزادی من شنبه اومده و اجرا نکردن؟! پس این ۴ روز من رو با چه حکمی نگه داشته اند؟” یه شعبده بازی دسته جمعی… “این تخلفه آقا!” … نه، تخلف نیست، برای زندگی ما تقلبه… مثل همیشه … “ببین خانم هدایت، حتی اگرم آزادت می کردن، با همین حکم دوباره میومدن میگرفتنت. خب چه کاریه؟!” “نمیتونستن. گیر قانونی داشت…” دو سال یعنی چقدر، امین؟… چند تا دلتنگی؟… چند تا پرسه زدن؟… “به هر حال. آقای فلانی هم مقصر نیست. بهش گفته اند. دستور رو اجرا می کنه.” بلند می شم و میرم پشت پنجره… تو یه جایی اون بیرونی، همین بغل، تو یکی از همین خیابونا… “من از این آقا شکایت می کنم.” “شما حق دارید از هرکی دلتون خواست شکایت کنید.” و می خنده… و من به زندگی مون فکر می کنم… “ببین دخترم، دادستان از نیمه ی خرداد نامه زده این پرونده رو به جریان انداخته. دیگه دو سه روز اینور و اونور فرقی براشون نمی کرد”…»

این نامه در تاریخ 31 مرداد ماه امضا شده بود.

آذر ماه 1394، بهاره هدایت از سوی کانون مدافعان حقوق بشر به عنوان برنده جایزه «تلاشگر حقوق بشر» سال ۱۳۹۴ هجری شمسی معرفی شد. کانون مدافعان حقوق بشر از سال ۱۳۸۶ هجری شمسی، هر سال از میان تلاشگران حقوق بشر، یک نفر را به‌عنوان برنده جایزه «تلاشگر حقوق بشر» معرفی می‌کند. تندیس منشور کوروش که توسط «نسیم باقری»، «آتنا دائمی» و «نرگس محمدی» که از هم‌بندی‌های بهاره هدایت بودند، بر روی چوب معرق‌کاری شده بود، در مراسم روز جهانی حقوق بشر در بند زنان زندان اوین، به بهاره هدایت اهدا شد.

خانم هدایت پس از شش سال و نیم حبس در زندان اوین سرانجام روز 14 شهریور ماه 1395 آزاد شد.

بازداشت پنجم : هواپیمای اوکراینی و فعالیت در توییتر
خانم هدایت روز ۲۱ بهمن ۱۳۹۸ در پی احضار به حراست دانشگاه امیر کبیر و حضور وی در آن محل، همراه با ضرب و شتم بازداشت و به بازداشتگاه وزرا در تهران منتقل شده بود.
یک روز بعد طی تماسی با خانواده خود عنوان کرد که در دادسرای اوین حضور دارد.

در تاریخ 27 بهمن ماه با پایان مراحل بازجویی از اوین به زندان قرچک ورامین منتقل شد؛ او که از لحظه بازداشت دست به اعتصاب غذا زده بود با افت فشار و تحلیل قوای جسمانی روز 29 بهمن از زندان قرچک آزاد شد. 

خانم هدایت توسط شعبه 26 دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی ایمان افشاری به ۴ سال و ۸ ماه حبس تعزیری محکوم شد. وی از بابت اتهام اجتماع و تبانی به 4 سال حبس و به اتهام تبلیغ علیه نظام به 8 ماه حبس محکوم شد.

دادگاه از باب مجازات تکمیلی نیز وی را به ۲ سال محرومیت از عضویت در گروه‌های سیاسی و اجتماعی و ۳ ماه ارائه خدمت در آسایشگاه سالمندان محکوم کرده بود.

این حکم روز۴ مردادماه 1399 به وی ابلاغ شد.

بر اساس ماده 134 قانون مجازات اسلامی 4 سال از محکومیت 4 سال و 8 ماه خانم هدایت قابلیت اجرا دارد.

استناد دادگاه در خصوص اتهام اجتماع و تبانی، حضور این فعال سیاسی در تجمع مقابل دانشگاه امیرکبیر در اعتراض به سرنگونی هواپیمای اوکراینی در دی ماه 1398 بود و برای اتهام تبلیغ علیه نظام مطالب منتشر شده در صفحه توییتر خانم هدایت را ملاک قرار داده بود.

این پرونده برای اجرای احکام صادر شد ولی تاکنون به اجرا در نیامده است.

توضیحات در ارتباط با سرنگونی هواپیمای اکراینی
بامداد روز ۱۸ دی ماه 1398، پرواز شماره ۷۵۲ خطوط هوایی تهران-کی‌یف، توسط دو شلیک پدافند هوایی سپاه پاسداران جمهوری اسلامی ایران سرنگون شد و 176 سرنشین این پرواز جان خود را از دست دادند.

۲۱ دی ماه، ستاد کل نیروهای مسلح با انتشار اطلاعیه‌ای ضمن تایید این واقعه مدعی شد که هدف گیری هواپیمای مسافربری غیرعمدی و ناشی از خطای عامل انسانی بوده است. همین موضوع باعث شد تا موجی از اعتراضات در سراسر ایران علی الخصوص دانشگاه به وجود بیاید که با مورد نیروهای امنیتی به خشونت کشیده شد. بسیاری در این اعتراضات بازداشت و راهی زندان شدند.