بهمن احمدی امویی به همراه همسرش- ژیلا بنی یعقوب- در شب سی‌ام خرداد 1388 در خانه‌اش دستگیر شده به زندان اوین منتقل شد. او در آن روز‌ها عضو شورای سردبیری روزنامهٔ سرمایه بود و دو کتاب هم به نام‌های «اقتصاد سیاسی جمهوری اسلامی» و «مردان جمهوری اسلامی چگونه تکنوکرات شدند» را تالیف کرده بود.  بهمن همسر ژیلا بنی یعقوب، دیگر روزنامه نگار و فعال جنبش زنان است که او هم تجربه تلخ زندان بعد از اتفاقات ۱۳۸۸ را از سر گذارنده است.

بهمن به اتهام «نگارش مقالات انتقادی درباره عملکرد اقتصادی دولت احمدی‌نژاد» در روزنامه «سرمایه» و وب سایت شخصی‌اش و همچنین سردبیری وب سایت «خرداد نو» در حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری ۸۸ بازداشت شد. یکی از اتهامات دیگر بهمن انتشار یکی از شعرهای حماسی فرودسی در سایت خرداد بود.  تا مدت‌های مدیدی بعد از بازداشت بهمن، پیگیری‌های خانواده او برای روشن شدن شرایطتش به جایی نمی‌رسید چون پرونده‌ای به اسم بهمن وجود نداشت.

بازجو‌ها به او گفته بودند پرونده‌اش نزد قاضی مرتضوی است. البته آن موقع هنوز قاضی مرتضوی برکنار نشده بود. اما اثری از پرونده نبود. حتی اگر پرونده‌اش در دفتر دادستان تهران هم بود می‌بایستی مثل اغلب پرونده‌های دیگر که در دفتر دادستان وجود دارد، دارای شماره کیفری باشد و سوابقی از آن در دادگاه انقلاب وجود داشته باشد که چنین چیزی وجود نداشت. فریده غیرت، وکیل بهمن درباره روند رسیدگی به پرونده او در گفت‌و‌گو با سایت جرس گفته بود: «موکلم روز ۳۰ خرداد دستگیر شد و پس از مدت ۲۰ روز ظاهرا برای او وثیقه‌ای صادر شد اما متاسفانه این قرار وثیقه به مرحله اجرا درنیامد. وقتی از برقراری این وثیقه مطلع شدم بار‌ها به دادگاه انقلاب مراجعه کردم که متاسفانه در جواب اظهار داشتند که پرونده موکلم بهمن احمدی امویی مفقود شده است. با مراجعات متعدد به دادگاه انقلاب همواره با‌‌ همان جواب یعنی مفقود شدن پرونده مواجه می‌شدم تا آنکه در اواخر آبان ماه اعلام شد پرونده با صدور قرار مجرمیت به شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب ارجاع شده است.»

اولین جلسه دادگاه او شش ماه بعد از بازداشت موقت، روز شنبه ۲۱ آذرماه در شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب برگزار شد.  صدور حکم هفت سال و چهار ماه زندان تعزیری و سی و چهار ضربه شلاق در دادگاه بدوی برای یک روزنامه نگار و تحلیل گر اقتصادی یکی از احکام سنگینی بود که برای روزنامه نگاران در حبس صادر می‌شد. این حکم در شعبه ۵۴ دادگاه تجدید نظر به پنج سال و چهار ماه حبس قطعی تبدیل شد.

بهمن تا بیست و سوم خردادماه سال۱۳۹۱ در زندان اوین بود اما به دنبال اتفاقاتی که بعد از مرگ هدی صابر در زندان اوین رخ داد، او را انفرادی زندان رجایی شهر منتقل کردند. جمعی از زندانیان سیاسی برای مرحوم هدی صابر که سال قبلش جان خود را در زندان به دلیل حمله قلبی و کوتاهی در رسیدگی پزشکی از دست داده بود، مراسم سالگرد برگزار کرده بودند که حین برگزاری مراسم گارد شورش زندان به مراسم حمله کرده و پس از آن بهمن را به رجایی شهر منتقل کردند. به او حتی اجازه ندادند که وسایل شخصی‌اش را با خود بردارد و تا مدت‌ها ممنوع الملاقات بود. این انتقال به زندان رجایی شهر در حالی صورت گرفت که در حکم زندان وی عنوان تبعید به زندانی دیگر ذکر نشده بود. در خبرهای بیرون زندان که توسط زندانی‌ها درج شده، گفته می‌شد که سلول‌های انفرادی زندان رجایی شهر وضعیت بهداشتی بسیار نامطلوبی دارد و خانواده بهمن نگران بودند چون نه تنها از او هیچ خبری نداشتند بلکه هیچ سقف زمانی برای پایان دوره انفرادی او تعیین نشده بود. پس از این رویداد، بیش از ۱۲۰ روزنامه نگار در آن روزهای بی‌خبری از بهمن در نامه‌ای به مقامات قضایی ایران خواستار رعایت قانون و آیین نامه سازمان زندان‌ها شدند.

او مردادماه سال ۱۳۹۱ با نوشتن نامه‌ای خطاب به ژیلا- همسرش که به مناسبت تولد او نوشته بود، تلاش کرده تصویر دقیقی از شرایط زندگی زندانیان سیاسی در زندان رجایی شهر کرج ارائه کند. در بخش‌هایی از این نامه آمده است: «می‌خواهم برای تو و خودم دلسوزی کنم اما خیلی زود از خودم خجالت می‌کشم. اینجا در بند سیاسی زندان رجایی شهر کسانی هستند که سال‌ها هیچ ملاقاتی نداشته‌اند، آدم‌هایی محکوم به اعدام که بعد از پنج-شش سال حکمشان شکسته و به حبس ابد تبدیل شد، حالا در سال های پانزده، دوازده، چهارده و بیست زندانشان به این امیدند که روزی حبس ابدشان آن قدر‌ها هم ابد نباشد. زندانی‌هایی که جوانی و پیری زودرسشان پشت همین می‌له‌های زندان و در فراموشی گذرانده‌اند  محمد نظری، بیست و دو ساله بود که بازداشت شد و حالا در سال بیستم زندانش است اما انگار که شصت ساله است. عمر و ابراهیم و خالد از اعضای حزب دمکرات کردستان حالا وارد ماه‌های ابتدایی سال چهاردهم زندانشان شده‌اند، سال‌ها از آخرین ملاقاتشان با خانواده می‌گذرد. از خودم می‌پرسم اگر این حزب دمکرات هنوز هم وجود داشته باشد آیا می‌داند آدم‌هایی هستند که به اسم عضویت در آن حزب سال‌هاست که در زندان‌اند. گاهی با خودم می‌گویم شاید حتی سیستم قضایی ایران هم در فهرست زندانی‌های خود نامی از آن‌ها نداشته باشد. تصویری از محل زندگی ۵۴ زندانی سیاسی رجایی شهر کرج. این‌ها را برایت می‌نویسم تا با بخشی از حال و هوا و شرایط اینجا آشنا شوی و با خیال راحت‌تر به زندان بروی و یک سال زندان‌ات را بگذرانی. یک سالن پنجاه متری. و راهرویی سه متری که با فرش و موکت پوشانده شده است که در آن سی و سه اتاق دو و هفتاد سانتی متری در دو م‌تر، دو کولر بزرگ در ابتدا و انتهای سالن که باد مرطوبی به طرف هم می‌دمند، و یک در فلزی که بیشتر اوقات قفل است و ما را در کنار هم در آن سالن نگه داشته است. تنها راه ارتباطی ما به دنیای پشت این در فلزی یک تلفن رومیزی است که با آن می‌توان به افسر نگهبان در طبقه بالا وصل شدتو که به زندان اوین بروی، پنج نفری هستیم که خواهر یا همسرمان در زندان اوین هستند و خودمان اینجا: سالن ۱۲، اندرزگاه چهار، زندان رجایی شهر.» بهمن در سال ۲۰۱۱ برنده جایزه جهانی هلمن- همت شد. 

بعد از 45 ساعت تاخیر روز شنبه، 12 مهر 1393بهمن احمدی امویی پس از پایان دوران محکومیت از زندان رجایی‌شهر کرج آزاد شد