عمادالدین باقی مقارن با انقلاب سال 1357 در  مدرسه علمیه در شوش به تحصیل ادبیات عربی و منطق و دروس مقدماتی حوزه علمیه مشغول بود، و از اواخر سال ۱۳۶۱ تا پایان ۱۳۶۹ در قم به ادامه تحصیل در این حیطه پرداخت.  او تحصیلات حوزوی و دروس خارج از فقه را نزد «آیت الله منتظری» (جانشین آیت‌الله خمینی) گذراند.

باقی از فعالان و انقلابیون نسل اول است و در دوره آغازین تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، بیش از 2 سال عضو دفتر سیاسی سپاه بود. او سال ۱۳۶۲ استعفا داد و به مرور اندیشه‌های تازه‌ای پیدا کرد و از اواخر دهه ۶۰ به تدریج منتقد آثار و افکار پیشین خود شد.

فعالیت مطبوعاتی
او فعالیت مطبوعاتی خود را از سال ۱۳۶۲ با روزنامه‌های کیهان و اطلاعات آغاز کرد و از سال ۱۳۷۰ به مدت هشت سال با روزنامه‌های سلام و همشهری فعالیت کرد و با روزنامه‌های معروف به دوم خردادی همکاری کرد. 

باقی در فاصله سال‌های ۷۸ تا ۸۰ که به «بهار مطبوعات» معروف شد، به دلیل نگارش مقالاتی جدی در زمینه قتل‌های زنجیره‌ای، قصاص و اعدام در روزنامه‌های اصلاح‌طلب شهرت یافت.

مقالات عمادالدین باقی در اولین مقاله‌ای که درباره قتل‌های زنجیره‌ای در روزنامه خرداد نوشت، آورده‌ بود: «هرچند آدم‌ربایی‌ها و قتل‌های دو هفته اخیر تازگی ندارد و قبلاً نیز موارد متعددی روی داده که اغلب انعکاس نیافته‌است، اما موارد اخیر این تمایز را دارد که آشکارا برای مقابله با تحقق جامعه مدنی و آزادی‌های مصرح در قانون و شکست پروژه توسعه سیاسی سید محمد خاتمی رخ می‌دهند. مباشران و آمران باید بدانند که هیچگاه راز هیچ قتلی، به‌ویژه از نوع سیاسی، مکتوم نمانده و تاریخِ این قبیل جنایت‌ها نشان داده‌است که عاملان و مباشران این نوع قتل‌ها حتی اگر به دام عدالت نیفتند، سرانجام به‌خاطر حفظ یا دفن اسرار به دست یاران و حامیان خود از میان خواهند رفت...»

عمادالدین باقی؛ انتشار ۲۸ کتاب و صدها مقاله را در روزنامه‌هایی چون «توس، جامعه، فتح، صبح امروز، جمهوریت و شرق» را در دوران هشت ساله اصلاحات در کارنامه‌اش دارد. روزنامه‌های که همگی توقیف شدند.

او نهایتا در هفتم فروردین ۱۳۷۹ به دلیل نوشته‌هایش به دادگاه احضار شد. دادگاه او بدون حضور هیات منصفه برگزار شد. شاکیان او در این پرونده وزارت اطلاعات، سپاه پاسداران، صدا سيما، نيروی انتظامی، علی فلاحيان وزير اسبق اطلاعات، مصطفی پور محمدی قائم مقام وزير اطلاعات، خطيب مدير کل اطلاعات قم در زمان فلاحيان، فیروز اصلانی، وکيل روزنامه کيهان وعبدالحمید محتشم، مدير مسئول يالثارات نشريه انصار حزب الله.

بازجویی‌های باقی از فروردین ۱۳۷۹ توسط «سعید مرتضوی» قاضی شعبه ۱۴۱۰ مجتمع قضایی کارکنان دولت به ریاست «محسنی اژه‌ای» شروع شد. در اردیبهشت ماه نیز دادگاه تشکیل شد و طی ۷ جلسه محاکمه‌ها انجام شد. 

روزهای زندان
عمادالدین باقی ابتدا توسط سعید مرتضوی به 7 سال و نیم زندان محکوم شد؛ که ۴ سال آن برای انتشار مقاله «اعدام و قصاص»، ۳ سال آن برای مقالات قتل‌های زنجیره‌ای، و ۶ماه آن به اتهام توهین به شورای نگهبان بود. 

این حکم در دادگاه تجدیدنظر به ۳ سال کاهش یافت.

او پیش از اعلام حکم دادگاه تجدیدنظر در تاریخ ا ۷ خرداد ۱۳۷۹ بازداشت شد و نهایتا در تاریخ ۱۷  بهمن ۱۳۸۱ از زندان آزاد شد.

هنوز مدتی از آزادی باقی نگذشته بود که او «انجمن دفاع از حقوق زندانیان» را تشکیل داد و در اولین جلسه از سوی هیات مدیره، به عنوان رئیس این انجمن انتخاب شد.
 انجمن دفاع از حقوق زندانیان، انجمنی غیردولتی و غیرسیاسی است که خدمات مختلف فرهنگی، خدماتی و حقوقی به زندانیان ارائه می‌کند و این اولین سازمان غیردولتی در خصوص حمایت از زندانیان است.

پس از این دوره، او تلاش‌های زیادی برای زندانیان، چه سیاسی و چه غیرسیاسی، و لغو حکم اعدام آنها انجام داد.

باقی مجددا در مرداد ۱۳۸۶ از سوی شعبه ۶ دادگاه انقلاب تهران به اتهام‌ اجتماع و تبانی علیه امنیت کشور و تبلیغ علهی نظام به نفع گروه‌های بیگانه و مخالف نظام  مجموعا به ۳ سال زندان محکوم شد. 

در آن زمان محمود علم، وکیل مدافع عمادالدین باقی در گفت‌وگو با رسانه‌ها گفته بود اتهام‌های موکلش به دلیل مصاحبه با برخی رسانه‌ها، نامه‌نگاری و مصاحبه درباره‌ محکومان زندان و اعدام ِ شماری از متهمان مشارکت در حوادث اهواز عنوان شده است.

 باقی از جمله معدود فعالان سیاسی داخل کشور است که با «مجازات اعدام» مخالفت کرد و مقالات زیادی را در این خصوص نوشت. انجمن دفاع از حقوق زندانیان طی چند سال فعالیت خود، بیانیه‌های مختلف و نامه‌های سرگشاده‌یی درباره وضعیت زندان‌ها و زندانیان منتشر کرد و نامه‌های انتقادی و افشاگرانه زیادی را خطاب به مقامات سازمان زندان‌ها نوشته است.
در سال ۱۳۸۸ در پی دستگیری‌های گسترده‌ای که به‌خاطر «جنبش سبز» انجام شد و بسیاری از احزاب و انجمن‌ها توقیف شدند، دفتر این انجمن هم پلمپ شد، اما اعضای انجمن به صورت غیررسمی به فعالیت‌های خود در زمینه کمک به زندانیان ادامه دادند و عده‌ای از وکلا نیز همکاری نزدیک خود با باقی را ادامه دادند.

عمادالدین باقی، تا به‌حال موفق به کسب جوایز بین‌المللی زیادی در عرصه روزنامه‌نگاری شده است، که از جمله آن می‌توان به؛ جایزه بنیاد جوایز مطبوعاتی بریتانیا،  جایزه شجاعت مدنی از بنیاد پارکینسون، جایزه کمیسیون ملی حقوق بشر فرانسه، و جایزه «مارتین انالز» اشاره کرد.