آقای گرگیج سال 1396 توسط ماموران وزارت اطلاعات بازداشت و حدود 3 ماه در بند 209 زندان اوین تحت بازجویی قرار داشت.

او که اهل تسنن است به دلیل فعالیت‌های خود در فضای مجازی بازداشت شده بود. «اطلس زندانهای‌ایران» گزارش کرده، تبلیغات مذهبی، یکی از مصادیق اتهامی او است. 

این شهروند بلوچ در آذر ماه سال 1397 در شعبه 15 دادگاه انقلاب تهران از بابت اتهام «اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی» توسط قاضی صلواتی به 5 سال حبس تعزیری محکوم شد.
این حکم اسفند ماه 1397 در دادگاه تجدید نظر به 4 سال و 9 ماه کاهش یافت.

اسماعیل گرگیج از روز 29 دی ماه ۱۳۹۸ دست به اعتصاب غذا در زندان زد؛ او خواستار انتقال خود از زندان اوین تهران به زندان زاهدان، محل زندگی خود شده بود. او یک کودک پنج ساله دارد و نیاز دارد تا ملاقات‌های هفتگی او با فرزندش انجام گیرد.

او در حال حاضر در زندان اوین به سر می برد.