محبوبه عباسقلی‌زاده در سال ۱۳۵۵ به فعالیت‌های دانشجویی در انجمن‌های اسلامی رو آورد. در سال ۱۳۵۸ به منظور ادامه تحصیل به کشور «مصر» رفت و در دانشگاه «عین‌الشمس» قاهره در رشته ادبیات عرب مشغول به تحصیل شد. پس از وقوع انقلاب اسلامی ایران به ایران بازگشت و در دانشکده «الهیات و معارف اسلامی» دانشگاه تهران به تحصیل پرداخت و از همان‌جا به نقد متون فقهی و تفسیرهای قرآنی در مورد حقوق زنان علاقه‌مند شد.

اولین تجربه روزنامه‌نگاری خود را با مجله «زن روز» در سال ۱۳۶۷ آغاز کرد و سپس همراه با عده‌ای دیگر از زنان «گروه مطالعات و بررسی مسائل زنان» را تاسیس کرد. این گروه از بنیان‌گذاران جریان فمینیست‌های مسلمان بودند. چنین تلاش‌هایی منجر به انتشار مجله «فرزانه» در سال 1373 با سردبیری محبوبه عباسقلی‌زاده شد.

نتیجه تجربه‌های عملی او در جامعه مدنی نوظهور در اوایل دهه هشتاد شمس، ناامیدی از فمینیسم اسلامی و تمایل به فمینیسم سکولار و فعالیت مدنی بود. در نیمه دوم دهه هشتاد شمسی و با اوج گرفتن فعالیت‌های کمپین محور جنبش زنان، به همراه جمعی از فعالان شناخته شده، گروه «میدان زنان» و کمپین‌های گوناگونی نظیر «بی‌سنگسار» و «منشور زنان ایران» را تاسیس کرد و به ساخت فیلم مستند و پژوهشگری در حوزه جنسیت و جنبش‌های اجتماعی نیز روی آورد. فیلم مستند «زنان دربند» که درباره زنان فعال اجتماعی زندانی ساخته شده از جمله تولیدات عباسقلی‌زاده است.

محبوبه عباسقلی‌زاده اولین‌بار در سال ۱۳۸۳ و در موج دستگیری وبلاگ‌نویسان ایرانی بازداشت شد و این بازداشت ۴۰ روز ادامه پیدا کرد. 

بار دوم روز ۱۳ اسفند ۱۳۸۵ بود که او به همراه ۳۲ تن دیگر از فعالان حقوق زن در تجمعی اعتراضی مقابل دادگاه انقلاب تهران دستگیر شد. او حدودا یک ماه بازداشت بود که ۱۸ روزش در سلول انفرادی و تحت بازجویی‌های خشن سپری شد و در نهایت با تودیع وثیقه 250 میلیون تومانی آزاد شد. عباسقلی‌زاده پس از آزادی در یادداشتی در سایت میدان نوشت که وادار به اعتراف به داشتن روابط نامشروع شده است.

در رابطه با همین بازداشت، جلسه دادگاهی روز ۱۸ اردیبهشت 1389 در شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب به ریاست «قاضی پیرعباسی» برگزار شد، و این روزنامه‌نگار به اتهام «اقدام علیه امنیت کشور از طریق اجتماع و تبانی به قصد بر هم زدن امنیت عمومی»و همچنین «اخلال در نظم عمومی و تمرد در برابر مامورین» به تحمل دو سال و نیم زندان و ۳۰ ضربه شلاق محکوم شد.
محبوبه عباسقلی‌زاده همچنین در ماجرای اعتراض به نتیجه انتخابات سال 1388 هم یک روز بازداشت شده بود.

این روزنامه‌نگار پیش از تشکیل جلسه دادگاه و دریافت حکم زندان و شلاق، از ایران خارج شده بود و به کشور آلمان سفر کرد؛ تا جایزه آزادی بیان و مطبوعات «یوهان فیلیپ پالم» در شهر اشتوتگارت آلمان به او اهدا شود. او همچنان خارج از ایران زندگی می‌کند.