خانم طافیان در پی اعتراضات به کشته شدن «مهسا امینی» دختر جوان اهل سقز به دست نیروهای گشت ارشاد، روز ۵ مهر ۱۴۰۱ در اهواز بازداشت شد.

این روزنامه‌نگار پیشتر هم  احضاریه‌‌ای از سوی دادستانی اهواز در استان خوزستان روز ۴ آبان ۱۳۹۹ دریافت کرده بود. 

بر اساس همین ابلاغیه او روز دوشنبه ۱۱ آبان با حضور در شعبه ۱۳ دادستانی اهواز برای دفاع از «اتهامات انتسابی» خود حضور یافت اما پس از حضور در این شعبه توسط ماموران امنیتی بازداشت شد.

این خبرنگار  روز یکشنبه ۱۰ آبان با انتشار تصویر یک احضاریه، در صفحه توییتر خود نوشته بود: «زنده باشم فردا اولین جلسه دادگاهه! نمیدونم قراره چه اتفاقی بیفته، اتهامات چی هست. خودم هم موندم چرا من؟ من که چیزی نخواستم جز اینکه اندکی عدالت رو هم ببینیم! چقدر سخته ببینی و دهان ببندی، باز هم کنی میشود این!»

یک روز بعد و پس از مراجعه این خبرنگار به شعبه ۱۳ دادستانی اهواز، او را بازداشت کردند و مشخص شد که شاکی او سازمان اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی است. مهرنوش طافیان ۸ روز در زندان سپیدار اهواز بازداشت بود و در نهایت با وثیقه ۴۰۰ میلیون تومانی آزاد شد.
اتهامات این خبرنگار در هنگام بازداشت؛ «همکاری با رسانه‌های معاند»، «تبلیغ علیه نظام»، «نشر اکاذیب»، «تشویق به فحشا و کشف حجاب»، «توهین به رهبری» و «توهین به بنیانگذار انقلاب اسلامی» عنوان شد.
در شهریور سال ۱۴۰۰، مهرنوش طافیان توسط شعبه ۱۱۲ دادگاه کیفری اهواز به اتهام «نشر اکاذیب» به تحمل ۳ ماه و یک روز، همچنین توسط شعبه ۲ دادگاه انقلاب اهواز به اتهام «تبلیغ علیه نظام» به تحمل یک سال زندان محکوم شد.
مهرنوش طافیان پس از دریافت این حکم، به دادگاه تجدیدنظر اعتراض کرد. ۲۸ مهر ۱۴۰۰ دادگاه تجدیدنظر حکم ۳ ماه و یک روز حبس او را به حالت تعلیق درآورد و حکم یک سال زندان او نیز یه ۳ ماه و ۱۰ روز حبس تبدیل شد. در نتیجه خانم طافیان در حال حاضر باید منتظر اجرا شدن حکم ۳ ماه و ۱۰ روز زندان باشد که هنوز به مرحله اجرایی نرسیده است.
یکی از نزدیکان این خبرنگار در گفت‌گو با «خبرنگاری جرم نیست» اعلام کرد که حکم زندان صادر شده، تنها به دلیل فعالیت‌های روزنامه‌نگاری مهرنوش طافیان و انتقاد از کیفیت حکم‌رانی در ایران صادر شده است.

براساس گزارش فدراسیون بین‌المللی روزنامه‌نگاران خانم طافیان ۲۴ دی ۱۴۰۱ از زندان آزاد شد.