او که سردبیر نشریات حزب کمونیست ایران از جمله روزنامه «طوفان» بود، نماینده مردم یزد در دوره هفتم مجلس شورای ملی هم بود و در «زندان قصر» و به دستور «رضاشاه پهلوی» کشته شد. محل دفن او همچنان ناشناخته ماندهاست.

فرخی یزدی در ۱۵ سالگی و به دلیل اشعاری که علیه مدرسان و مدیران مدرسه اش می‌سرود، از مدرسه اخراج شد و بعدتر جانش را برایش از دست داد.

محمد فرخی یزدی، از هواداران جدی «حزب دموکرات» در شهر یزد بود، و به طور مثال در غزلی، آزادی را چنین می‌ستاید:
که روح‌بخش جهان است نام آزادی، قسم به عزت و قدر و مقام آزادی
که داشت از دل و جان احترام آزادی، به پیش اهل جهان محترم بُود آن‌کس
به مسلکی که ندارد مرام آزادی، چگونه پای‌ گذاری به صرف دعوت شیخ
برای دسته پابسته شام آزادی، هزار بار بُود به ز صبح استبداد
کنند رنج‌بران چون قیام آزادی، به روزگار قیامت به پا شود آن روز
کِشم ز مرتجعین انتقام آزادی، اگر خدای به من فرصتی دهد یک روز
چو «فرخی» نشوی گر غلام آزادی، ز بند بندگی خواجه کی شوی آزاد

در نوروز سال ۱۲۹۷، فرخی برخلاف سایر شعرای یزد که معمولا قصیده‌ای در مدح حاکم و حکومت وقت می‌ساختند، شعری در قالب «مسمط» ساخت و در مجمع آزادیخواهان یزد خواند، و در پایان، خطاب به «ضیغم‌الدوله قشقایی» حاکم یزد چنین گفت:
کز برای سیم بنمایم کسی را پای‌بوس، خود تو می‌دانی نی‌ام از شاعران چاپلوس
بهمن و کیخسرو و جمشید و افریدون شوی، لیک گویم گر به قانون مجری قانون شوی

به همین دلیل حاکم یزد دستور داد تا دهانش را با نخ و سوزن بدوزند و زندانی‌اش کنند. 

تحصن مردم یزد در تلگرافخانه شهر و اعتراض به این اتفاق، موجب استیضاح وزیر کشور از طرف مجلس شورای ملی شد؛ اما وزیر کشور به ‌کلی منکر زندانی شدن فرخی یزدی شد. تا اینکه حدودا دو ماه بعد فرخی از زندان یزد فرار کرد و گفت: «تا بسوزد دلت از بهر دل سوخته‌ام، شرح این قصه شنو از دو لب دوخته‌ام»

در اواخر سال ۱۲۹۸، فرخی یزدی به تهران مهاجرت کرد و در پایتخت، مقالات و اشعاری را درباره «آزادی» در روزنامه‌ها منتشر کرد.

او در دوران نخست‌وزیری وثوق‌الدوله، با قرارداد معروف ۱۹۱۹ مخالفت کرد و به همین سبب بازداشت شد. او شهریور ۱۳۰۰ شمسی در نقد قرارداد «۱۹۱۹» و خطاب به «لرد کرزن»، سیاستمدار انگلیسی سرود:
داخل مرثیه خوانی شده‌است، لرد کرزن عصبانی شده‌است
گوش بر حکم سفارت ندهیم، ما بزرگی به حقارت ندهیم
کشور جم نشود استعمار، ... آخر ای لرد ز ما دست بدار
تا نگویند ز الغای قرار، بهر دلسوزی ما اشک مبار

فرخی در سال ۱۳۰۰ شمسی در تهران روزنامه «طوفان» را منتشر ساخت. طوفان در طول مدت انتشار بیش از 15 مرتبه توقیف، و باز منتشر شده‌ است. گاه نیز به سبب زندانی شدن فرخی انتشار روزنامه دچار وقفه می‌شد، و در مواقعی که روزنامه طوفان توقیف بود فرخی با در دست داشتن مجوز و امتیاز سایر روزنامه‌ها همچون «پیکار، قیام، طلیعه، آیینه افکار و ستاره شرق» مقالات و اشعار خود را منتشر می‌کرد. 

او درباره توقیف‌های مکرر روزنامه‌هایش سروده: «هر نامه نکرد خائنان را تعریف، هر خامه نکرد ناکسان را توصیف / آن نامه به دست ظالمان شد توقیف، آن خامه ز پافشاری ظلم شکست.»

در سال ۱۳۰۷ فرخی یزدی به عنوان نماینده مجلس شورای ملی از طرف مردم یزد انتخاب شد و عضو جناح اقلیت شد. با توجه به اینکه اکثریت نمایندگان حامی دولت رضاشاه بودند، فرخی مرتبا از سایر نمایندگان ناسزا می‌شنید و حتی یک بار نماینده مهاباد او را کتک زد. او که شرایط را برای ادامه فعالیت در مجلس نامناسب می‌دیدید، مخفیانه از تهران خارج شد.

سپس از طریق شوروی به آلمان رفت و مدتی در نشریه‌ای به نام «پیکار»، افکار انقلابی خود را منتشر کرد، اما در نهایت باز او در ملاقاتی با «عبدالحسین تیمورتاش» فریب وعده او را خورد و از طریق ترکیه و بغداد به تهران بازگشت و بلافاصله تحت نظر قرار گرفت. 

اندکی بعد هم به بهانه بدهی به یک کاغذفروش به زندان شهربانی افتاد. هم‌زمان پرونده‌ای با اتهام «اسائه ادب به مقام سلطنت» برای او تشکیل گردید و ابتدا به ۲۷ ماه و پس از تجدید نظر به سی ماه زندان محکوم شد، و به زندان قصر منتقل گردید.

بنابر اظهار دادستان، فرخی در بیمارستان زندان به وسیله تزریق آمپول هوا توسط «پزشک احمدی» کشته شد. 

اگرچه گواهی رئیس زندان حاکی از فوت فرخی بر اثر ابتلا به مالاریا و نفریت است. محل دفن فرخی یزدی تاکنون نامشخص است ولی گفته شده او احتمالا جای در گورستان «مسگرآباد» در تهران قدیم دفن شده است.