توقیف و ده‌ها شکایت از روزنامه اعتماد ملی
روزنامه اعتماد ملی به صاحب امتیازی «مهدی کروبی» و مدیرمسوولی آقای حق‌شناس با انتشار 998 شماره در روز 26 مرداد ماه سال 1388 با حکم شعبه 13 بازپرسی کارکنان دولت توقیف شد.

«محمد جلیلیان»، وکیل روزنامه اعتماد ملی در تشریح علل توقیف این روزنامه و شکایت از محمدجواد حق‌شناس در تاریخ 25 دی ماه 1397 به ایلنا گفته بود: «سال ۸۸ و پس از مراجعات برخی بازداشتی‌های آزادشده از بازداشتگاه کهریزک به آقای مهدی کروبی و اظهاراتشان مبنی بر شکنجه و تجاوز در این بازداشتگاه، هجدهم مرداد سال ۸۸، آقای کروبی در نامه‌ای خطاب به آقای هاشمی رفسنجانی، رئیس وقت مجلس خبرگان و مجمع تشخیص مصلحت نظام، این شکایات را بازگو کردند و خواستار رسیدگی به آن شدند. آقای کروبی حتی در این نامه آرزو کردند این موضوعات صحت نداشته باشد. فردای آن روز، روزنامه اعتماد ملی در صفحه یک و سه روزنامه در گفت‌و‌گو با حسین کروبی، فرزند ارشد آقای کروبی به توضیح بخش‌هایی از نامه پرداخت.»

پرونده پس از کش و قوس‌های فراوان و رسیدگی در چند شعبه دادسرای کارکنان دولت، درنهایت روز 31 شهریور سال 1389 ازطرف بازپرسی شعبه ۶ دادسرای کارکنان دولت به شعبه ۷۶ دادگاه کیفری استان ارسال شد.

در آن تاریخ 34 شکایت از این روزنامه به ثبت رسیده بود. از شاکیان روزنامه اعتماد ملی می‎توان به علی آبادی، بقایی، بذرپاش، میرفیصل باقرزاده، سازمان بسیج دانشجویی، بنیاد حفظ آثار و ارزش های دفاع مقدس، دانشگاه علوم پزشکی ایران، فرماندار اسبق اسلام شهر، وزارت کار و امور اجتماعی، سازمان نظام دامپزشکی، سازمان سنجش و اموزش کشورو بانک توسعه اشاره کرد.

جلسات دادگاه رسیدگی به شکایت اشخاص و نهادها و سازمان های مختلف از این روزنامه در روز 19 مهر  و 4 دی و 11 دی ماه 1390 و همچنین 27 فروردین 1391 در شعبه 76 دادگاه کیفری استان تهران در حضور هیئت منصفه مطبوعات به ریاست قاضی «سیامک مدیرخراسانی» در مجتمع قضایی امام خمینی(ره) برگزار شد.

از اتهامات آقای حق‌شناس و روزنامه ایشان می‌توان به «تبلیغ علیه نظام»، «توهین»، «افتراء»، «هجو»، «تحریك به اقدام علیه امنیت ملی»، «نشر اكاذیب» و چندین عنوان مجرمانه دیگر كه در مجموع حدود 14 عنوان اتهامی بود، اشاره کرد.

نهایتا دادگاه مطبوعات پس از برگزاری پنج جلسه در تاریخ 28 فروردین 1391 روزنامه اعتماد ملی را در 5 مورد اتهامی  مجرم شناخت. براساس گزارش ایسنا هیات منصفه در خصوص اتهامات نشر مطالب خلاف واقع با شكايت معاونت بسيج دانشجويي، تبليغ عليه نظام و نشر مطالب خلاف واقع موضوع شكايت نماينده مدعي‌العموم درباره انتشار و انتصاب شايعات به رياست‌جمهوري، نشر مطالب خلاف واقع موضوع شكايت رييس وقت سازمان نظام پزشكي، نشر مطالب خلاف واقع موضوع تحريف اظهارات يك شاكي خصوصي، نشر مطالب خلاف واقع موضوع شكايت يك حقوقدان و تبليغ عليه نظام و افتراء و توهين به ماموران نظام موضوع شكايت نماينده مدعي‌‌العموم، متهم را مجرم شناخت.

پس از تقریبا 6 سال، روز 25 دی سال 1397 محمد جلیلیان، وکیل روزنامه اعتماد ملی در گفت‌وگو با ایلنا عنوان کرده بود که قضات شعبه ۲۰ دیوانعالی کشور حکم مجرمیت روزنامه اعتماد ملی مبنی بر تبلیغ علیه نظام، توهین و افترا به سازمان‌های نظام و اشاعه فحشا و نشر شایعات در پرونده بازداشتگاه کهریزک، نقض کرده است.

در بخشی از حکم دیوانعالی کشور آمده بود: «…در مورد عناوین مجرمانه مربوط به نامه آقای مهدی کروبی خطاب به آقای هاشمی رفسنجانی و مصاحبه‌های آقای حسین کروبی اولا با توجه به مطالب منتشر شده در رسانه‌ها، بسیاری از مطالب مطرح‌شده واقعیت داشته است و برخی از مامورین بازداشتگاه کهریزک و برخی زندانیان آن بازداشتگاه در پرونده‌ای که در سازمان قضایی نیروهای مسلح مورد رسیدگی قرار گرفته است، به اتهامات از جمله قتل عمدی چند تن از بازداشت‌شدگان محکومیت حاصل کرده‌اند و از طرف دیگر در پرونده اتهامی، دادستان محترم سابق عمومی و انقلاب تهران نیز ظاهرا مواردی از تخلفات مربوط به قضات رسیدگی کننده به حوادث پس از انتخابات مطرح و احتمالا اثبات شده است بنابراین بررسی پرونده های مذکور نیز ضروری بوده است.»

وکیل روزنامه اعتماد ملی گفته بود: «با نقض حکم، پرونده با صلاحدید دستگاه قضایی بار دیگر در دادگاه کیفری رسیدگی می‌شود اما در حال حاضر، قضات دیوانعالی که بالاترین مرجع قضایی در کشور است، حکم مجرمیت را نقض کرده‌اند.»

پخش دعای ربنا با صدای یک زن و بازداشت چند ساعته عضو شورای شهر
روز 15 تیر ماه 1398 آقای حق‌شناس به علت انتشار یک پست اینستاگرامی در شب 23 ماه مبارک رمضان که در آن خانم «لیلا طهرانچی» دعای ربنا را می‌خواند، در حالی که به دادسرا مراجعه کرده بود، بازداشت شد.

ریاست کمیسیون فرهنگی و اجتماعی شورای شهر تهران روز 16 تیر سال 1398 در ارتباط با بازدشت چند ساعته اش در دادسرای ارشاد شعبه 2 بازپرسی در خیابان بخارست به بازپرسی «مصطفی پروتویی» به ایسنا گفته بود: «حدود سه الی چهار هفته قبل تماس تلفنی با یک شماره چهار رقمی دریافت کردم که فرد پشت خط خود را از پلیس امنیت اخلاقی معرفی کرد و انتظار داشت که فردای تماس به پلیس مراجعه کنم اما به او گفتم که صرف تماس تلفنی امکان حضور نیست و اگر نیازی به مراجعه من هست باید دعوت‌نامه یا احضاریه بدهند.»

اتهام آقای حق شناس در این پرونده «تشویق مردم به فساد» بود که با اعتراض ایشان مواجه شد. وی در این باره توضیح داده بود: «وقتی موضوع اتهام با اعتراض من روبرو شد، آنها گفتند که بارگذاری صوت و کلیپ تصویری کسی که حجاب را رعایت نکرده و مجوز خوانندگی ندارد، تشویق مردم به فساد است و از آنجایی که بنده در کمیسیون فرهنگی شورای شهر حضور داشتم این موضوع بیشتر مورد توجه قرار گرفت.»

بازپرس در آن روز برای آقای حق شناس قرار وثیقه 200 میلیون تومانی صادر کرد که ایشان به این دلیل که «پذیرفتن چنین وثیقه ای به معنای پذیرفتن ادعای نادرست آنهاست» از گذاشتن وثیقه امتناع کرد و راهی بازداشتگاه شد.

عصر روز 15 تیر ماه آقایان خلیل‌آبادی، نظری و رسولی، سه تن از اعضای شورای شهر به دادسرا رفتند و به درخواست بازپرس پرونده، پست اینستاگرامی آقای حق شناس را حذف کردند.
این عضو شورای شهر تهران در این باره گفته بود: «بازپرس مصر بود که من پست اینستاگرامی را بردارم و من گفتم اگر این مساله حکم قضائی شود قبول می‌کنم، نهایتاً از آنجایی که اعضای شورا اصرار داشتند که ما یک کار جمعی می‌کنیم و ممکن است مشکلاتی ایجاد شود من قبول کردم که توضیحات بازپرس را در صفحه ایسنتاگرام خود بنویسم.  قرار شد پست مذکور را حذف کرده و متن دیگر جایگزین شود و این متن نیز تا پایان جلسات دادگاه در صفحه‌ام بماند و حالا منتظر ادامه روند دادگاه هستیم.»

روز 8 اردیبهشت سال 1399 بود که آقای حق شناس از تبرئه خود در خصوص این پرونده خبر داد.

درخواست شفافیت آمار شیوع کرونا و شکایت سپاه پاسداران
در دوران شیوع کرونا در کشور و علی الخصوص شهر تهران، محمد جواد حق شناس به عنوان رییس کمیسیون فرهنگی و اجتماعی شورای شهر تهران چندین بار از مسئولان خواسته بود تا آمار دقیقی در خصوص مبتلایان و کشته شدگان به مردم اعلام شود. 

وی با انتشار یک ویدئو از نطق خود در جلسه شورا، روز 24 فروردین ماه 1399 در توییتر خود نوشته بود: «به نظر ميرسداکنون میزان مبتلايان و مرگ و میری که در شهر تهران وجود دارد و آماری که ارائه می گردد  شفاف نيست و با عددهای سطح کلان همخوانی ندارد .بهتر است ستاد مرکزی مبارزه با #كرونا در #تهران گزارشی جداگانه ارائه کند که حداقل مردم خودشان تکلیف خود را بدانند.»

آقای حق‌شناس روز 9 اردیبهشت سال 1399 به روزنامه «سپید» گفته بود: «متاسفانه بنابر دلایلی که اصلا روشن نیست و مبنای علمی برای آن فراهم نیست مسئولان وزارت بهداشت از ارائه آمار به شکل استانی استنکاف کردند و به یک ارائه آمار ملی با سه فاکتور مبتلایان، درگذشتگان و بهبودیافتگان اکتفا کرد. این آمار در تنها به درد سایت آمار سازمان بهداشت جهانی می‌خورد و نمی‌توان از آن برای اطلاع رسانی به شهروندان کشور پرجمعیت و پهناوری مانند ایران در نظر گرفت،این نحوه اطلاع‌رسانی یک خودزنی غیرمنطقی و بدون هیچگونه پشتوانه علمی بود. چه اشکالی داشت از همان ابتدا این آمار اعلام می‌شد؟ چرا مردم تهران نباید مطلع می‌شدند که یک سوم مرگ و میر‌ها مربوط به شهری است که در آن سکونت دارد؟ این اطلاع رسانی باعث می‌شد مردم رفت‌و‌آمد‌های غیرضروری خود را انجام ندهند و رعایت بیشتری داشته باشند. این اطلاعات وقتی درست اعلام نشود مردم نمی‌توانند درست تصمیم بگیرند.»

از این دست اظهارات باعث شد تا وزیر ارشاد در نامه‌ای به رییس شورای شهر درخواست کرد آمارهایی مغایرآمارهایی که از سوی ستاد ملی کرونا اعلام می شود، منتشر نکند و اگر سوال و ابهامی  وجود دارد در جلسات غیر علنی از فرمانده ستاد کرونا در تهران پیگیری شود.

روز 30 اردیبهشت ماه 1399 بود که آقای مجید فراهان، دیگر عضو شورای شهر تهران در نطقی از احضار آقای حق شناس به دادسرای فرهنگ و رسانه خبر داد.
 اتهام آقای حق‌شناس در اين پرونده نشر اكاذيب و تشویش اذهان عمومی در رابطه با كرونا عنوان شده بود.

روز 12 خرداد 1399 پس از مراجعه و تفهیم اتهام در دادسرای فرهنگ و رسانه به «ایرنا» گفت: «مشخص شد احضار بر اساس گزارش اطلاعات سپاه در خصوص نطق پیش از دستور به تاریخ ۱۹ فروردین ماه امسال در صحن شورای اسلامی شهر تهران، به اتهام نشر اکاذیب و تشویش اذهان عمومی انجام گرفته است.»

به گفته وی ادعای مطروحه مبنی بر نشر اکاذیب در گزارش مزبور حاصل سوتفاهمی ناشی از هیجانات رسانه‌ای بوده و تناسبی با واقعیات نداشت.

پس از تفهیم اتهام، جلسه بازپرسی با صدور «قرار تامین» پایان یافت.

مطابق ماده 132 قانون آئین دادرسی کیفری، به منظور دسترسی به متهم و حضور به موقع وی در موارد لزوم و جلوگیری از فرار یا پنهان شدن و تبانی با دیگری، قاضی مکلف است پس از تفهیم اتهام بدوی یکی از قرارهای تامین کیفری را صادر نماید.

قرار تامین، قیدی است محدود کننده آزادی که مطابق ترتیبات قانونی و برای امکان دسترسی به متهم، درباره وی اعمال میشود. اخذ تامین، اولین اقدام رسمی است که پس از بازجویی از جانب مقام قضایی صورت میگیرد.

وضعیت این پرونده هنوز مشخص نیست.