بازداشت
نفیسه زارع کهن در صبح۱۳ آبان‌ماه ۱۳۸۸ همزمان با چند نفر از اعضای سازمان تحکیم وحدت بازداشت شد. او و همسرش حجت شریفی در زمان دستگیری، جلوی خانه مسکونی محمد هاشمی،‌ از اعضای دفتر تحکیم وحدت بودند. 

سازمان ادوار تحکیم وحدت در جریان دهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری از مهدی کروبی پشتیبانی می‌کرد. 

نفیسه زارع کهن در طول بازداشت توانست طی تماس تلفنی کوتاهی به خانواده‌اش درباره‌ بازداشتش خبر بدهد.

خانم زارع‌کهن و حجب شریفی، همسرش توانستند در میانه ماه آذر ۱۳۸۸ برای اولین‌بار با خانواده‌شان ملاقات کنند. این ملاقات به صورت کابینی (از پشت شیشه محافظ ) بود.

پدر آقای شریفی در این باره به سایت پارلمان‌نیوز گفت بوده: «خواهران نفیسه اجازه ملاقات با او را نیافتند و فقط من موفق به دیدار نفیسه و حجت شدم. البته دادستان دستور ملاقات حضوری داده بود، اما در زندان تنها اجازه ملاقات کابینی به من دادند.»

منظر زارع‌کهن، خواهر نفیسه زارع‌کهن نیز در گفت‌وگویی با پارلمان‌نیوز که در آذر‌ماه ۱۳۸۸ منتشر شده، وضعیت او را این‌طور شرح می‌دهد: «نفیسه از نظر شرایط جسمی بسیار لاغر شده است. او به ما گفت که به دلیل تپش قلب از بهداری زندان قرص پرانول خریداری و مصرف می‌کند.»

منظر زارع‌کهن درباره اتهامات خواهرش (نفیسه زارع کهن)‌ گفته بود: «در طول دوران بازجویی‌ها مطرح کرده‌اند که مطالب وبلاگ، برخی از مقالات و گزارش‌های او اتهامات اصلی نفیسه هستند.»

واکنش «گروه سازمان‌های حقوق بشری در آسیا و اقیانوسیه»
گروه «سازمان‌های حقوق بشری در آسیا و اقیانوسیه» در آذرماه ۱۳۹۹ خورشیدی به بازداشت اعضای سازمان دانش‌آموختگان «ادوار تحکیم وحدت»‌ اعتراض کردند.
این بیانیه خطاب به آیت‌الله آملی لاریجانی،‌رییس وقت قوه قضاییه نوشته شده و از او خواسته بود،‌ پرونده افراد بازداشت‌شده را مورد بررسی قرار بگیرند چون از نظر قوانین بین‌المللی حقوق این افراد نقض شده است.

در این نامه، از «آزار و اذیت نظام‌مند اعضا» این سازمان ابراز نگرانی شده بود. 

«سازمان‌های حقوق بشری در آسیا و اقیانوسیه» از سازمان‌های حوزه حقوق بشری تشکیل شده که عضو شبکه سازمان‌های غیردولتی ناظر بر نهادهای ملی حقوق بشر در منطقه آسیا (آنی) هستند.

جمع‌آوری امضا برای آزادی
گروهی از دانشجویان و دانش‌آموختگان دانشگاه صنعتی شریف در یکم آذر‌ماه ۱۳۸۸ خورشیدی با جمع‌آوری امضا و صدور بیانیه خواهان آزادی نفیسه زارع‌کهن شدند.

این بیانیه را بیش از ۱۴۰ نفر امضا کرده بودند. به جز دانشجویان شریف،‌ دانشجویان چند دانشگاه دیگر هم در میان امضاکنندگان این بیانه بودند.

در این بیانیه با اشاره به سرکوب معترضان به نتایج انتخابات آمده بود: «در این راه گاه جمعیت عظیم پرسش‌گران را خس و خاشاک و اندک خوانده‌اند و گاه آنان را به وابستگی به دشمنی خیالی متهم ساخته‌اند. از سوی دیگر سعی کرده‌اند با جرم شمردن سوال، دستگیری تعداد زیادی از خوش‌نام‌ترین فعالان سیاسی، مطبوعاتی و فرهنگی کشور و عده بیشتری از مردم بی‌گناه، برگزاری دادگاه‌های نمایشی و ایجاد رعب و ناامنی جلوی طرح این سوالات را بگیرند.»

امضاکنندگان این بیانیه تاکید کرده بودند: «ما به عنوان جمعی از فارغ‌التحصیلان دانشگاه صنعتی شریف که فصل مشترک‌مان دوستی و آشنایی با حجت‌الله شریفی می‌باشد، ضمن شهادت به وطن‌دوستی و خیرخواهی او و همسرش، اعتراض شدید خود را به بازداشت غیر قانونی این هم‌دانشگاهی عزیزمان و سایر فعالان دانشجویی اعلام کرده، خواهان آزادی سریع و بی‌قید و شرط ایشان و سایر زندانیان سیاسی می‌باشیم.»

نفیسه زارع‌کهن در روز دوم دی‌ماه ۱۳۸۸ خورشیدی با تودیع قرار کفالت ۱۰۰ میلیون تومانی از زندان اوین تهران آزاد شد. همسر خانم زارع‌کهن (حجب شریفی) نیز همزمان با او آزاد شد. 
 
وضعیت فعلی
نفیسه زارع کهن هم‌اکنون به کار روزنامه‌نگاری و فعالیت مدنی مشغول است.  اخیرا در امضای بیانیه‌ای در محکومیت فرزندکشی  نیز شرکت داشته است.