بازداشت در گلستان هفتم
آقای قیصری در ۳۰ بهمن ۱۳۹۶، در اطراف محل درگیری میان دراویش گنابادی با نیروی انتظامی جمهوری اسلامی در خیابان گلستان هفتم محله پاسداران تهران بازداشت شد.

یک منبع مطلع نزدیک به آقای قیصری در آن تاریخ به «کمپین دفاع از زندانیان سیاسی و مدنی» گفته بود: «صادق درویش نیست و هیچ نسبت فکری هم با دراویش ندارد ولی بعد از خبر درگیری و محاصره دراویش برای گزارشگری به آنجا رفته بود، ماموران او را در حال عکس و فیلم‌برداری گرفتند و چند نفری با باتوم به جانش افتادند جوری که جمجمه‌اش شکست و نیاز به جراحی دارد، ولی نه از جراحی خبری هست و نه از آزادی.»

آقای قیصری پس از بازداشت در تماس با خانواده‌‌اش وضعیت جسمانی نامساعد خود را تایید کرد. او گفته بود به درمان نیاز دارد و در خواب به حمله عصبی دچار می‌شود

 این فعال رسانه‌ای در زندان تهران بزرگ (فشافویه) زندانی بود.

محکومیت به هفت سال حبس به اضافه مجازات تکمیلی
او در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی ابوالقاسم صلواتی به ۷ سال حبس تعزیری، ۷۴ ضربه شلاق، ۲ سال ممنوعیت از فعالیت‌های مطبوعاتی و ۲ سال ممنوع الخروجی محکوم شده است. این حکم در تاریخ ۴ تیر ۱۳۹۷ به او در زندان ابلاغ شد.

آقای قیصری در تاریخ ۱۱ مهر ۱۳۹۷ به سبب بدرفتاری مسوولان زندان با زندانیان دست به اعتصاب غذا زد. 

او با تایید ضرب و شتم در مدت بازجویی اعلام کرده بود عینکش را در زمان بازجویی از او گرفته‌اند و در این شرایط  او را مجبور به امضای برگه‌هایی کرد‌‌ه‌اند که محتوای آنها را نمی‌توانسته بخواند.

صادق قیصری همچنین گفته بود دوربین‌های در سرویس بهداشتی و حمام زندان نصب شده کهباعث آزار روحی و روانی زندانیان می‌شود. او درادامه گفته بود افرادی که که به این شرایط اعتراض می‌کنند اول ممنوع الملاقات شده و سپس به بند مجرمان عادی منتقل می‌شوند.

نامه قیصری به رییس قوه قضاییه: شما و امثال شما که از حقوق چیزی نمی‌دانید
آقای قیصری در ۳۱ تیر ۱۳۹۸، در انتقاد به وضعیت زندانیان سیاسی و نقض حقوق شهروندان نامه‌ای سرگشاده به «ابراهیم رییسی»، رییس قوه قضاییه نوشت. در بخشی از این نامه آمده است: «آقای رییسی اصلا معنای حقوق را می‌فهمید و مصادیق حقوق فردی-اجتماعی را می‌شناسید که شده‌اید رییس عدالت‌خانه دولت؟ لازم به یادآوری است که علت به وجود آمدن قوه قضاییه و عدالت‌خانه ملت صیانت و دفاع از حقوق فردی و اجتماعی شهروندان است و وظیفه‌ای جز صیانت و حفاظت از جان، مال، ناموس و اعتقادات شخصی افراد در مقابل تعرض و دست اندازی و خودسری‌ها را ندارد. اصلا وجود قوه قضاییه برای چیست؟ حال آنکه مهم‌ترین کار خود را انجام نمی‌دهد، آیا قوه قضاییه فقط به درد زندانی کردن امثال من می‌خورد.»

این فعال رسانه‌ای زندانی همچنین نوشته بود: «این که بی‌گناهانی همچون من در زندانیم دو علت دارد. اول اینکه قوه قضاییه در جمهوری اسلامی برای سرکوب، ظلم و پایمال کردن حقوق مردم درست شده است و علت دوم بر می‌گردد به شما و امثال شما که از حقوق چیزی نمی‌دانید نه تنها از حقوق و وظایف الحاقی و انسانی خویش بی‌خبرید بلکه با استناد به فتواها و نسخه‌های جعلی و من‌درآوردی از اسلام و با راهبرد و سیاست ظلم و جور امنیت جان مال و مکان‌های آیینی ما و امنیت روانی اجتماعی اقلیت‌ها را بر هم می‌زنید و باعث می‌شوید افراد و جمعیت‌ها برای دفاع از جان مال و اعتقادات خود در مقابل نیروهای ضد امنیتی و ظالم شما راساً قیام کنند. چرا یک بار به گورستان تاریخ نظر نمی‌کنید و از سرنوشت ظالمان و جنایت کاران درس نمی‌گیرید که چگونه مورد لعن و نفرینند.»

تبعید به زندان اهواز و آزادی
روز ۱۲ آذر ۱۳۹۸، شماری از دراویش زندانی در زندان تهران بزرگ به زندان‌های دیگر منتقل شدند. آقای قیصری نیز یکی از افرادی بود که به دستور نهادهای امنیتی و بدون اطلاع قبلی به زندان شیبان در اهواز تبعید شد.

فروردین۱۳۹۹، اطلس زندان‌های ایران گزارش کرد به دلیل شیوع ویروس کرونا و براساس صدور بخشنامه آزادی زندانیان، آقای قیصری از زندان آزاد شد.