سعید پورحیدر بار نخستین بار روز 16 بهمن‌ماه سال 88 در منزل شخصی خود توسط مأموران وزارت اطلاعات بازداشت شد. او را به مدت یک ماه دربند 240 زندان اوین و در شرایط انفرادی نگه‌داشتند و پس‌ از آن آزاد شد. او را مجددا در روز 18 مهرماه سال 89 و پس از احضار به دادسرای اوین بازداشت کرده و روانه بند 350 کردند. پورحیدر 52 روز یعنی تا زمان اعلام رأی دادگاه تجدیدنظر زندانی شد. در دادگاه به پنج سال حبس تعزیری محکوم  شد ولی حکم زندان او به مدت پنج سال به حالت تعلیق درآمد.

 این روزنامهنگار بهمن ماه سال ۱۳۹۲ پس از بازگشت از امریکا به ایران توسط ماموران وزارت اطلاعات بازداشت و در خردادماه سال ۱۳۹۴ توسط شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب به اتهام اجتماع و تبانی به قصد اقدام علیه امنیت ملی، توهین به رهبری، فعالیت تبلیغی علیه نظام و نشر اکاذیب در فضای مجازی محاکمه و در نهایت پس از تبرئه از اتهام توهین به رهبری برای  سه اتهام دیگر در مجموع به ۵ سال حبس تعزیری محکوم شد.

حکمی که مورد اعتراض محمد علیزاده طباطبایی وکیل وی قرار گرفت، پس از برگزاری سه جلسه دادگاه تجدید نظر٬ حکم وی از پنج سال به سه سال حبس تعزیزی کاهش یافت.

سعید پورحیدر روز سوم بهمن ماه سال ۱۳۹۶ با پایان دوران محکومیت‌اش از زندان آزاد شد.