نشریات زیرزمینی و 14 سال حبس!
آقای رحمانی اولین باردر سال 1360 در حالی که نویسنده نشریه زیرزمینی «پیشتاز» متعلق به گروه پیشتازان بود به 3 سال حبس محکوم شد. اتهام این نویسنده «عضویت در گروهی متأثر از اندیشه‌های علی شریعتی» بود.

پس از آزادی از زندان رحمانی نوشته های خود را در روزنامه دیگری با عنوان «موحد» در زمینه نوگرایی دینی منتشر کرد. وی در سال 1365 مجدداً بازداشت و به 11 سال حبس محکوم شد و پس از آزادی از زندان در سال ۱۳۷۶ با ماهنامه «ایران فردا» و هفته‌نامه «امید زنجان» همکاری کرد.

پرونده موسوم به «ملی-مذهبی‌ها» و پرونده شلوغی دانشگاه‌ها
این فعال ملی - مذهبی در تاریخ ۲۰  اسفند ۱۳۷۹ در حمله شبانه ماموران امنیتی  به منزل «محمد بسته‌نگار»، يکی از چهره های اپوزيسيون ترقی خواه ايران، به همراه تعداد دیگری از اعضای جریان ملی مذهبی دستگیر شد.

اولین و دومین جلسه دادگاه پرونده اشخاص بازداشت شده که به پرونده ملی مذهبی ها شناخته شد، با حضور آقایان رياحي، سلطاني‌، حسين‌آبادي و شريفي، وکلای بازداشت شدگان، در روز 18 و 20 دی ماه 1380 در شعبه 26 دادگاه عمومی و انقلاب تهران برگزار شد.

در این پرونده اتهام اشخاص بازداشت شده «اقدام علیه امنیت ملی با قصد براندازی نظام جمهوری اسلامی»، «تشویش اذهان عمومی» و «فعالیت تبلیغی علیه نظام» عنوان شد.
نرگس محمدی، همسر آقای رحمانی در خصوص پرونده او سال 1381 به «ایسنا» گفته بود: «همسرم (تقي رحماني) 29 فروردين 81 پس از 2 جلسه رسيدگي به اتهامات، در تاريخ 25 و 27 فروردين ماه با قرار وثيقه‌اي به مبلغ 100 ميليون تومان آزاد شد.»

روز 20 ارديبهشت ١٣٨٢، رای شعبه 26 دادگاه انقلاب اسلامي تهران صادر شد و آقای رحمانی به 10 سال زندان و 10 سال محروميت از حقوق اجتماعي محکوم شد.

در این پرونده، آقای «رضا عليجاني» به شش سال زندان و ده سال محروميت از حقوق اجتماعي و آقای «هدی صابر» به ده سال زندان و ده سال محروميت از حقوق اجتماعي محکوم شدند.
آقایان محمد بسته‌نگار، محمد توسلي، حبيب‌الله پيمان، مسعود پدرام، رضا رييس طوسي، رضا عليجاني، هدي صابر، هاشم صباغيان، ابوالفضل بازرگان، عزت‌الله سحابي، نعيم‌پور، خسرو منصوريان، سعيد مدني، عليرضا رجايي، محمود عمراني، محمد ملكي، كاظميان و محمدي اردهالي در این پرونده با آقای رحمانی مشترک بودند.

در روز 24 خرداد ماه ١٣٨٢ اين سه روزنامه‌نگار مجدداً بدون ارائه هيچ دليل قانوني بازداشت و به مدت سه ماه در سلول انفرادی بسر بردند. این بازداشت درحالی صورت گرفته بود که هر سه نفر به نتیجه دادگاه بدوی اعتراض کرده و به قید وثیقه تا برگزاری دادگاه تجدید نظر آزاد بودند.

علت بازداشت آن‌ها ناآرامی‌های رخ داده در دانشگاه‌ها در خرداد ۱۳۸۲ در اعتراض به طرح موسوم به خصوصی کردن دانشگاه‌ها صورت گرفته بود. 

تحقيقات مقدماتي پرونده این سه فعال ملی - مذهبی در شعبه 12 بازپرسي دادسراي ناحيه‌ 7 مستقر در اوين انجام شده بود.

روز 23  مهر 1382 آقای «غلامحسين الهام»، سخنگوی قوه قضاييه ايران اعلام کرده بود که اين سه روزنامه‌نگار «محكوميت حبس خود را در زندان آغاز كرده اند.»
این در حالی بود که دادگاه تجدید نظر آن ها هنوز برگزار نشده بود.

روز ١٢ و ١٩ ارديبهشت ١٣٨٣ اين سه روزنامه‌نگار مطلع شدند که دادگاه آن‌ها در شعبه 26 دادگاه تجديد نظر به ریاست قاضی حداد (زارع دهنوی) بدون حضور متهمان و وکلایشان، برگزار شد. رضا عليجانی به چهار سال زندان، هدی صابر به پنج سال و نيم و تقي رحماني به هفت سال زندان محکوم شدند.  این احکام مربوط به پرونده سال 1379 این افراد، موسوم به پرونده ملی-مذهبی ها بود.

با قطعی شدن حکم، آقای رحمانی روز 21 اردیبهشت ماه و 12 شهریور ماه 1383 به مرخصی کوتاه مدت رفته بود.

روز 23 شهریور 1382، آقای محمد شریف، وكيل مدافع آقایان رحمانی، صابر و علیجانی به ایسنا گفته بود: «در رابطه با پرونده و اتهامات اين سه ملي‌مذهبي سوالاتي مطرح است كه خواهان پاسخ به اين سوالات هستيم. آيا اين افراد در حال سپري كردن دوره‏ محكوميت خود مرتبط با بازداشت اسفند سال 79 هستند؟ اگر پاسخ به اين سوال مثبت است چرا راي دادگاه تجديدنظر طبق موازين قانوني ابلاغ نمي‏شود و اگر در حال سپري كردن دوران محكوميت خود نيستند و پرونده جديدي مطرح است به چه دليل و با چه عنوان اتهامي در زندان به سر مي‏برند؟»
روز 24 آبان ماه 1383 قاضی حداد رئیس شعبه 26 دادگاه انقلاب تهران دستور آزادی این سه بازداشتی ملی مذهبی را با وثیقه 50 میلیون تومانی صادر کرد  اما پس از عدم آزادی این افراد، عبدالفتاح سلطاني از وکلای این پرونده، برخي افراد در بند 2 الف را به خودسري و عدم تبعيت از قانون متهم كرد و به ایسنا گفته بود: «آنها به ضوابط توجه ندارند و هر كاري كه مي‌خواهند انجام مي‌دهند.»

یک روز بعد سعید مرتضی، دادستان عمومی و انقلاب تهران در گفت‌وگو با «ایسنا» ماجرا را اینگونه شرح داد: « در ارديبهشت ماه 83 حكم قطعي اين سه نفر صادره از سوي شعبه‏ي 36 دادگاه تجديدنظر استان تهران در زندان اوين به آنها ابلاغ شده است و در واقع آنها از اين تاريخ به بعد تحت قرار بازداشت موقت نبوده‌اند بلكه در حال سپري كردن محكوميت قطعي‌شان هستند و اينكه شما مي‌گوييد نامه‌ آزادي آنها به زندان اوين ارسال شده است، در رابطه با پرونده‏ ديگري است كه مربوط به ناآرامي‌هاي سال گذشته(خرداد 1382) بوده است و قرار وثيقه در مورد اين پرونده صادر شده بود. طبيعتا شعبه‏ بدوي (26 دادگاه انقلاب) در نامه‏ خود مي‌نويسد: اگر به دليل ديگري بازداشت نباشند آزاد شوند.»

در دوران انتخابات دوره نهم ریاست جمهوری سال 1384 بود که هر سه فعال ملی مذهبی به مرخصی اعزام شدند.

«عمادالدين باقي»، «ابراهيم يزدي» و «عزت‌الله سحابي» طي اطلاعیه که در ایسنا منتشر شده بود آورده بودند: « پيرو پيگيري‌هاي به عمل آمده توسط مقامات قضايي، روز دوشنبه 23/3/1384 هيأت منصوب رييس قوه‌ي قضاييه براي بررسي شكايات سه فعال ملي مذهبي هدي صابر، رضا عليجاني و تقي رحماني تشكيل شد و در اين جلسه سخنگوي قوه‌ي قضاييه به نمايندگي از سوي هيأت مذكور با سه فرد يادشده ملاقات و از اظهارات آنان درباره‌ي تخلفات قانوني و اشكالات حقوقي مهم در پرونده مربوطه گزارش تهيه كرد... در اين ملاقات كريمي‌راد اعلام كرد كه صابر، عليجاني و رحماني تا بررسي نهايي پرونده توسط هيأت و اعلام نظر، بيرون از زندان به سر خواهند برد.»

در آذر  و دی ماه ۱۳۸۴ جلسه رسیدگی به اتهامات هدی صابر، رضا علیجانی و تقی رحمانی به اتهام تحريك دانشجويان به اغتشاش به صورت غیرعلنی در شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب تهران برگزار شد.

دادگاه فضای ناآرام دانشگاه ها را به این سه روزنامه‌نگار نسبت دادند و به همین بهانه و تحت عنوان اتهامی «راه‌اندازی تشکل غیرقانونی» و «تبلیغ علیه نظام» و «اجتماع و تبانی» موجب بازداشت آن ها در خرداد ماه 1382 شده بود.

روز 23 اسفند 1384 آقای محمد شریف، وكيل مدافع سه فعال ملی-مذهبی از محكوميت 8 ماه حبس تعزيري موكلانش خبر داد. 

مستند حكم صادره ماده‌ 499 قانون مجازات اسلامي راجع به عضويت در جمعيت‌هاي غيرقانوني و مرتبط با NGO موسوم به «سپهر انديشه نوين» بود. این سه روزنامه نگار از اتهام دخالت در اغتشاشات دانشجويي تبرئه شدند. بر اساس این حکم دادگاه بر اساس دو اتهام «اقدام عليه امنيت كشور» و «توهين به مسوولان» به حبس محکوم شدند.

در مرداد ماه ۱۳۸۵ شعبه ۳۶ دادگاه تجدید نظر تهران حکم محکومیت هشت ماه حبس تعزیری آقای رحمانی و آقای هدی صابر را تأیید کرد.

بازداشت پس از انتخابات بحث‌برانگیز دهمین دوره ریاست جمهوری در سال 1388
این پژوهشگر دینی بار دیگر بلافاصله پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم در سال ۱۳۸۸ به همراه هدی صابر و رضا علیجانی برای چند روز دستگیر شد.

با گذشت بیش یک سال و نیم، آقای رحمانی روز ۲۰ بهمن ۱۳۸۹ توسط نیروهای امنیتی در ایران در منزل شخصی خود بازداشت شد.

رحمانی روز 26 اسفند 1390 در گفت‌وگو با «رادیو زمانه» گفته بود: «در ۲۰ بهمن ۱۳۸۹ دستگیر شدم که خودش سرنوشتی بود. پرونده جدیدی به عنوان طراح تظاهرات ۲۵ بهمن و مشاور ارشد کروبی و فعالیت در جنبش سبز برایم تشکیل شد که عنوان آن محاکمه همه فعالیت‌های من از سال ۱۳۸۱ تا زمان دستگیری بود.»

علت بازداشت آقای رحمانی در این تاریخ «فراخوان راهبران جنبش سبز برای خیزش ٢۵ بهمن در تهران» بود.

این فعال ملی - مذهبی عنوان کرده بود از روز نهم تا روز آزادی‌اش یعنی بیست و پنجم اردیبهشت 1390 دربند 350 زندان اوین به همراه «هدی صابر» بازداشت بود. آقای رحمانی پیش از این در بند 209 متعلق به وزارت اطلاعات محبوس بود.

خانم نرگس محمدی، همسر آقای رحمانی، روز ۲۵ اردیبهشت درگفت‌وگو با «بی بی سی فارسی» از آزادی آقای رحمانی با وثیقه 150 میلیون تومانی که از سوی شعبه ۶  دادسرای عمومی و انقلاب تهران صادر شده بود، خبر داد.

به گزارش «آفتاب»، این روزنامه‌نگار روز 27 اردیبهشت در حالی که «برای امضای صورتجلسه» به دادسرای مستقر در زندان اوین احضار شده بود، بازداشت و به گفته همسرش، ساعاتی بعد دوباره آزاد شد.

روز 21 خرداد 1390، هدی صابر پس از یک اعتصاب غذای 10 روزه در بیمارستان فوت کرد. برخی منابع علت مرگ او را ضرب و شتم ماموران امنیتی در زندان اوین اعلام کرده اند. علت اعتصاب غذای آقای صابر مرگ مشکوک هاله سحابی در مراسم تشیع جنازه پدرش، آقای عزت الله سحابی بود. 

آقای رحمانی در این باره به رادیو زمانه گفته بود: «آزادی من از زندان خود حکایتی دارد. آن بازداشت یک روزه پس از آزادی و آزادی مجدد نه برای من و نه برای هدی قابل پیش‌بینی نبود. البته ما در سرزمین غافلگیری‌ها زندگی می‌کنیم. اردیبهشت ماه ۱۳۹۰ به ماجرای طوفانی خرداد ختم شد. پدر، خواهر و برادر در پی هم، در ادامه هم و در پیوند با هم رفتند. در ده روز که فاجعه [فوت] مهندس، تراژدی هاله و حماسه هدی رخ داد، آن‌سان سخت و تلخ و عجیب بود که بهت‌آور نمی‌نمود.»

پس از آزادی از زندان در اردیبهشت ماه 1390 فشار نیروهای امنیتی بر آقای رحمانی بیشتر شد. او گفته بود که وزارت اطلاعات تهدید کرده است: «حکم ۵ ساله داری که باید بِکشی، پرونده دوم هم وجود دارد. مواظب رفتار خودت باش، تو زن مریض در پای اجرای حکم و دو فرزند خردسال داری.» 

این عضو شورای فعالان ملی-مذهبی در حالی که به قید وثیقه آزاد بود، با دریافت ابلاغیه ای ممنوع ‌الخروج شد؛ این خبر را «هرانا» روز 29 شهریور 1390 منتشر کرد.

ادامه فشارها بر این پژوهشگر دینی به گونه ای بود که هر 15 یا 20 روز یک بار توسط وزارت اطلاعات احضار می‌شد. آقای رحمانی دراین باره گفته بود: «در آبان ماه ۱۳۹۰ فشار بیشتر شد. بعد از بیانیه ۱۴۳ نفر به خاتمی و بعد بیانیه ملی – مذهبی در باره شهادت هاله و هدی، پیام‌های اطلاعات سپاه هم برای زندان کشیدن رسید. آنان با وزارت اطلاعات روی نحوه برخورد با من تفاوت داشتند یا به‌ظاهر چنین بود. اما هدف یکی بود. توقف کامل ملی – مذهبی‌ها و فعالانی مانند من به هر شکل ممکن. منتها وزارت اطلاعات فنی‌تر برخورد می‌کرد. با نزدیک شدن انتخابات اسفند ۹۰ فشار بیشتر شد. با اعلام حکم بدوی ۱۱ ساله نرگس در آذرماه، به ما ابلاغ [گفته] شد که اگر در تهران بمانید، هر دو دستگیر می‌شوید. پیام فرستادند که احتمال دستگیری شما بالاست اما اگر به شهرستان بروید احتمال دستگیری کمتر است.»

آقای رحمانی به همراه خانواده به زنجان رفتند و در آن شهر ساکن شدند.

در نهایتا این نویسنده و پژوهشگر دینی بهمن ماه ۱۳۹۰ از طریق مناطق غربی کشور از ایران خارج شد و در حال حاضر در پاریس زندگی می‌کند.

وی دلایل خود برای خروج از کشور را اینگونه شرح داده بود: «موافقان و مخالفان کوچ من کم نبودند، با بسیاری سخن گفتم. موافقان رفتن من یا آمدن من دلایل شبیه به من داشتند. عده‌ای با لطف بیشتر به من، خطر جانی که در داخل تهدید می‌شوی را بیان داشتند، اما دلایل عمده این‌ها بود:  زندان رفتن تو حتمی است. در زندان آن‌قدر مفید نیستی که در خارج مفید خواهی بود. [آنها] به دلایل گوناگون این مفید بودن را برمی‌شمردند؛ ۱- تجربه طولانی ۲ – توان ارائه تحلیل ۳- توان کاری.»

پرونده بازداشت بهمن ماه 1379 آقای رحمانی پیش از خروج ایشان از دادسرا به دادگاه ارسال شده بود و یکی از دلایل خروج ایشان از کشور به اجرا در آمدن احکام دادگاه بود. 
این نویسنده به رادیو زمانه گفته بود:« البته این دلایل را در حد توان من می‌خواستند و اغراق نمی‌کردند. اما جان تحلیل این بود که در خارج مفید‌تر از زندان هستی. چرا که محکومیت ۷ ساله ۱۳۷۹ه. ش آماده اجراست و همچنین پرونده آماده دستگیری بهمن ماه ۱۳۸۹ ه. ش که از دادسرا روانه دادگاه بود.»